Applications des techniques de typage moléculaire de M. tuberculosis

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DEVELOPPEMENT ECONOMIQUE

Croissance économique

Définition

Croissance économique veut dire élévation de revenupar tête d’habitant et du Produit Intérieur Brut (PIB). L’élévation de la production de biens et de services dans un pays, par quelque moyen que ce soit peut être appelée croissance économique.

Source de croissance

À partir de l’équation Y = F (K,L,R,A, t), ave c Y revenu ou produit national,
K : capital national,
L : nombre des actifs,
R : capital de terre arable et de ressources naturelles,
A : accroissement de la productivité d’emploi des intrants, temps laquelle on dérive par rapport au temps, est obtenu le taux decroissance.
gy = (dY/dt)/Y taux de croissance de revenu
gy = a + (Wk x gk) + (WLxgL) + (WRxgR)
g: taux de croissance d’une variable quelconque
W: part de tout intrant (ex. part de salaire ou capital) dans le revenu
a: variable mesurant le changement produit dans la fonction de production par la productivité accrue des intrants, c’est-à-dire que l’élévation des revenus, dépend de l’augmentation du capital accumulé et de la productivité du travail. C’est une condition nécessaire, mais non suffisante, de l’élévation duniveau de vie des habitants d’un pays à faible PIB, (cf. équation précédente).
La croissance est indispensable sinon il n’y a pas d’amélioration de situation que par les transferts de revenus et d’actifs provenant d’a utrui ou extérieur (notre cas actuel).Inversement, elle permet à une partie, voi re la totalité de la population, d’améliorer son sort sans que quiconque n’en pâtisse nécessairement (cf. fig. n° 3 : augmentation du PIB à partager).

L’ECONOMIE ET L’ENVIRONNEMENT

Environnement et pauvreté

La pauvreté est un état de privation qui empêche eunpersonne de vivre comme elle a raison de souhaiter, d’une manière durable.
Peuvent être donc classés comme pauvres ceux qui nepeuvent pas se nourrir, s’habiller ou se déplacer convenablement, ceux qui ne peuvent pas aller consulter un médecin une fois malade, ceux qui n’ont pas la possibilité d’aller à l’école ou poursuivre des études comme ils auraient voulu et ceux qui sont privés des autres droits fondamentaux (la liberté d’expression et de la circulation, la participation citoyenne dans les différentes décisions, les droits à l’information, au respect…).
Le droit relatif à l’environnement renvoie à la foi s au droit de vivre durablement dans un environnement sain et sécurisé et de bénéficierdes ressources de la nature et aux obligations de laisser le capital naturel assurant la satisfaction des besoins des générations futures.

Interaction entre environnement et pauvreté

La réduction de la pauvreté et la protection de ’environnementl sont donc parmi les principales composantes du développement; la pauvreté et l’environnement sont aussi liés inextricablement dans le fameux cercle vicieux. D’un côté, les pauvres sont souvent caractérisés par leur vulnérabilité face non seulemnt aux fluctuations économiques mais aussi aux dégradations et changements environnementaux. Ils subissent les premières conséquences de la destruction de l’environnement du fait qu’ils n’ont pas le moindre filet de sécurité.
C’est généralement le cas dans les pays en voie dedéveloppement et surtout parce qu’ils tirent généralement leur subsistance des resources naturelles.
La dégradation de l’environnement, la pollution de l’air, de l’eau, du sol, la pollution industrielle provoque une altération de la santé. Les pauvres n’ont pas la possibilité de traiter les maladies y afférentes et leurs capacités de production sont affaiblies. Elle est responsable d’un quart des maladies et cause 13 millions de décès par an dans le monde (selon l’OMS : rapport sur les maladies environnementales).Certains deviennent infirmes et ne peuvent plus assurer un travail pour maintenir ou accroître leurs revenus quotidiens ou mensuels et leurs besoins calorifiques en alimentation ne sont pas satisfaits.

L’économie malgache et protection de l’environnement

L’économie et l’environnement sont étroitement reliés entre eux. L’économie utilise des ressources et des services environnementaux tels que les matières premières, les bois, la terre, l’eau ou l’énergie. Elle déverse également es déchets où provoquent des dégradations dans l’air, l’eau et le sol. Une représentation simplifiée des interactions complexes entre l’économie et l’environnement est donnée par la figure n°5.
La boucle classique (délimitée par le trait discontinue en bleu) de l’économie est donc complétée par des flux physiques allant vers ’environnement,l tels que le rejet des déchets et les autres nuisances liées aux activitéséconomiques ainsi que des flux physiques provenant de l’environnement tels que l’exploitatio n des ressources naturelles. Ces flux sont particuliers puisqu’ils sont physiques et non monétaires. Ils permettent d’effectuer des liens entre l’économie et l’environnement.
Face aux dégradations, l’économie doit aussi êtreapablec de générer des ressources, notamment financières, pour appuyer les actions environnementales. Ainsi, la problématique environnementale vue sous l’angle économique peut être représentée par l’existence de conflits dans l’utilisation des ressources aussi bien environnementales que financières.
Le plan d’action environnemental malgache (PNAE) a été conçu au début des années 19901 comme un des trois piliers de la politique de développement global de Madagascar avec le programme social de lutte contre la paupérisation et l’ajustement structurel.
Ainsi, l’action environnementale est inséparable des actions pour un développement économique et social durable du pays, en d’autres termes la protection de l’environnement devait contribuer à la réduction de la pauvreté etdurabilité de la croissance économique. C’est ainsi que les principaux objectifs de la politique environnementale malgache ont une connotation sociale ou économique comme « améliorerle cadre de vie », « développer les ressources humaines », « résoudre les problèmes fonciers », « maintenir l’équilibre entre croissance de la population et développement des ressources »…
Cette partie du rapport sur l’état de l’environnement de Madagascar tente d’évaluer la situation et le progrès réalisés par le pays surces trois fronts du développement durable.
Le circuit ci-dessus, représente l’économie classique (dans le trait pointillé) que l’on utilise encore jusqu’à présent. Pour Madagascar, le circuit se résume sur les parties cadrées en bleues (ménages – marché – Entreprise).
Les ménages produisent ou offrent les ressources, puis les déchets recyclés et récupérés par des secteurs privés ou publics et vendus auprès des entreprises. Ces dernières les transforment en produit fini et les retournent ensuite sur le marché des facteurs selon la demande des ménages ou des entreprises.

LE MOUVEMENT ATD QUART MONDE

Description du mouvement ATD Quart Monde

Refuser la misère c’est vouloir la détruire. . « Nous ne sommes pas là pour gérer la misère mais pour la détruire » (Joseph Wrésinski, fondateur).
Le Mouvement ATD (Aide à Toute Détresse) Quart Monde a été créé en 19 57par le père Joseph Wresinski . Plus de 5 000 alliés et militants du Quart Monde, 100 000 amis ou correspondants. Le Mouvement est présent et agit dans 29 pays sur les 5 continents.
En 2009, le conseil d’administration du Mouvement International ATD Quart Monde a décidé de donner au sigle ATD un autre sens : Agir Tous pour la Dignité

Les activités du mouvement ’ATD Quart Monde à Andramiarana

Action curative mais non palliative.

Avec les enfants

Le Mouvement ATD Quart Monde ne fait pas de distributions (alimentaires, vestimentaires, …), il mène surtout des actions de types culturels qui est à long terme. Comme par exemple le « sahan’ny ankizy » ou jardin d’enfa nts en français.
Le « sahan’ny ankizy » regroupe les petits enfants de 1 à 5 ans .C’est un espace de loisir et de distraction pour les enfants, où ils bénéficient des différentes activités culturelles faites par les volontaires du mouvement ATD Quart Monde.
Non seulement, il promeut l’épanouissement physique, intellectuel et moral de ces enfants, mais aussi il est très bénéfique pour lesparents.
Le « Sahan’ny ankizy » est très important pour moi, car les enfants sont non seulement en sécurité mais qu’également les parentsaient beaucoup plus de temps pour travailler ».

Avec Les jeunes

Le Mouvement ATD Quart Monde effectue plusieurs activités avec les jeunes d’Andramiarana, telles que l’insertion scolaire, de s formations professionnelles en informatique, des séances photos…
Au bout de 6 mois d’intervention auprès de ce village d’Andramiarana, l’ATD Quart Monde a pu réhabiliter l’Ecole Primaire Public de Morondava et scolariser 35 jeunes d’Andramiarana.
Il offre une formation professionnelle en informatique pour les jeunes plus âgés, qui ont déjà quitté l’école depuis plus de 5ans. Ces derniers arrivent quand même à manipuler l’Internet, l’Excel malgré leurs faibles niveaux d’instruction.
Par ailleurs, les séances photos avec les jeunes d’Andramiarana ont une place importante pour leur bien-être. Selon Monsieur Marius, responsable de ce projet photos, l’objectif est d’accompagner les jeunes à faire fa ce à sa vie, de voir son univers de plus près, de prendre conscience de chaque élément qui les entoure. Ces photos leurs permettent d’avoir une idée claire du milieu et du contexte dans lesquels ils appartiennent.

Avec les parents

Les parents et les responsables du Mouvement ATD Quart Monde tissent entre eux une relation personnelle très amicale et familiale. Sur le plan organisationnel par exemple, il existe entre eux une forte coopération de travail. Ils ont créé ensemble un comité volontaire composé de 5 personnes travaillan avec l’ATD Quart Monde afin de mener à bien l’organisation interne du milieu. Ce s ont ces membres du comité, qui constituent « la collectivité territoriale décentralisée », et qui jouent des rôles primordiaux au développement du village.
Les volontaires de l’ATD Quart Monde organisent ave c les villageois, des activités familiales, des sorties, des fêtes… Il en est de même sur la réintégration sociale des habitants d’Andramiarana. L’assistante sociale accompagne les parents lors des procédures de l’octroi de leur Carte d’Identité Nationale et de leur copie d’acte de naissance et celle de leurs enfants. Elle effectue des tâches difficiles et de longue haleine (jugement supplétive, fouille du liste des registres au près des bureaux communales…), qui ralentissent le rythme de ses interventions.

Délogement et réinsertion sociale des occupantsde Lalamby en 2002-2003

Après la crise de 2002, la Communauté urbaine d’Antananarivo décide d’entreprendre plusieurs grands projets pour changer le visage de la capitale. En vue de la réhabilitation du réseau ferroviaire du Réseau National des Chemins de Fer Malgache (RNCFM), l’État décide de mettre en œuvre une polit ique de relance de l’exploitation dès 2002. La mise en œuvre de ce projet nécessite le délogement des occupants de la voie ferroviaire nommée Lalamby. Plusieurs études sontmenées sur le terrain avec la participation d’ONG invitées à des réunions interministérielles ATD: Quart Monde, ASA, Famonjena…

Migration en milieu rural : Ambohidratrimo

La première vague de migration a eu pour destination la carrière d’Ambohidratrimo, « Ils nous ont promis de n’y rester que trois mois ensuite rejoindre Ankazobe pour y devenir propriétaire d’un terrain attribué par l’État. Pourtant notre séjour à Ambohidratrimo a duré une année. Puis, suivi d’un autre transfert provisoire à Ankarefo pendant six mois, après lequel on a pu rejoindre Ankazobe. »

Migration d’Ambohidratrimo vers Ankarefo en avril 2004

« C’est au début du mois d’Avril 2004 que les gendarmes passaient à la carrière pour nous déloger et de nous envoyer à Ankarefo. Plusieurs d’entre nous décidaient de ne pas continuer et préféraient revenir à Antananarivo»

Migration d’Ankarefo vers Ankazobe en octobre 2004

« Pour nous convaincre de partir, on nous a promis un vrai nouveau départ dans la vie : formation à l’agriculture et à l’élevage, ave c une somme de 850.000 FMG de l’OTIV (Ombona Tahiry Ifampindramam-bola) pour nous aider à commencer des activités génératrices de revenus, 50 canards ou poulets pourdébuter un élevage… Nous étions fatigués du voyage et de ces fausses promesses, personnes ne voulait plus continuer. Ils ont donc rajouté la promesse de nous donner 5.000 FMG par jour et par personne pour le travail du site.Mais personne n’a touché un ariary de cette somme promise pendant la durée de notre séjour»

Réinsertion réussie à Amboanjobe, échec à Masindray

Malgré les difficultés qu’ils ont vécues dans le tesi de Masindray, certaines familles sont néanmoins parvenues à s’en sortir par leurs propres moyens. C’est le cas pour celles qui se sont installées à Amboanjobe.
« Comme l’aide alimentaire a cessé très vite, on a réussi à avancer dans les travaux parce qu’on est venu régulièrement à Antananarivo pour vendre ce qu’on trouve dans les bacs à ordures. Si on n’avait pas eu ce travail, on n’aurait pas pu survivre et continuer à payer les matériaux pour construire notre maison.»

Délogement des familles du hameau d’Andramiarana en décembre 2005

La construction de cette décharge en 2005 fait suite à la fermeture de celle qui était située à côté de la carrière d’Ambohidratrimo. C’est la raison pour laquelle les familles ayant abandonné le projet de réinsertion rurale sont venues à cet endroit.

Localisation du site d’Andramiarana

Quand on parle de la décharge et du secteur de la écupération des déchets d’Antananarivo, le nom d’Andralanitra vient tout de suite à l’esprit.
Une autre zone se cache derrière les alignements des grands hôtels et des villas résidentielles d’Ambohibao, encerclée par les rizières inondables de la grande plaine de Betsimitatatra et la rivière Ikopa. Cet endroit fait vivre de centaine de familles marginalisées: c’est la décharge d’Andramiarana.
La décharge d’Andramiarana se situe dans la zone périurbaine d’Antananarivo, environ 8 km au nord-ouest. Il s’agit d’une décharge industrielle existant depuis 2005. Elle abrite 131 ménages, pour 570 personnes (source ATDQuart Monde).

Les processus de socialisation

La population d’Andramiarana introduit une vision différente de l’espace et de possibilités habituelle de travail et de culture. En recourant à l’innovation et à la créativité, elle résout de manière exemplaire ses problèmes.
Elle établit, dans sa capacité de recherche des solutions, de nouvelles formes d’organisations sociales qui comportent plus d’éléments de solidarité et de défense de l’environnement que dans beaucoup de cas de vieilles structures sociales urbaines.
Les expériences donnent corps à une partie du vaste monde, en liant les taches productives à un travail d’organisation de base. El les sont le fait d’organisations économiques populaires avec une très forte expression de territorialité.
On pense ici à une organisation parce que la popula tion forme un organe collectif de participation démocratique. Le terme économique peut être mentionné vu qu’une partie de leurs activités est orientée vers la production.
L’aspect populaire peut être évoqué étant donné lesconditions généralisées de pauvreté que partagent leurs acteurs. Les multiples expressions trouvées dans le secteur populaires peuvent être classées de manière analytique en différents types avec leur propre objectif et caractéristique: On trouve d’abord celle qui s’inscrit dans une lign e productive de création, des revenus pour leurs membres. Il s’agit des ateliers, formés par un petit nombre de personnes, avec un grand niveau d’intégration interne. Les domaines sont nombreux et divers : de l’artisanat au multiple métier praticable en commun, comme la menuiserie, la serrurerie, etc.
Malgré leurs orientations, la productivité et les evenusr atteints sont généralement bas, et ne peuvent constituer qu’un complément dans l’économiefamiliale d’un participant.
Il existe également les initiatives productives desubstances, principalement destinées à satisfaire directement ou indirectement, un besoi n de base, par l’organisation productive d’une activité collective génératrice de bénéficeconomiqueé. De tels groupes sont plus grands que les précédents mais leur infrastructure productive précaire ne permet d’obtenir que des revenus non significatifs.
D’autres, pour faire face au problème alimentaire, recourent à l’épargne-consommation. Il s’agit d’acheter les denrées en commun, de partager les marmites ou l’équipement en général. L’épargne-consommation collective permet d’alléger le fardeau quotidien.
Il est perçu ici que la population a une innovation de gestion que l’on ne soupçonne de l’extérieur. Cette innovation prend source dans une logique d’optimisation des ressources par la mise en commun des matériels pour réduire les dépenses et le temps perdu au niveau individuel ou des ménages. Cette attitude s’aligne dans le non gaspillage de ressource (énergie, humaine, etc.) qui est un comportement alant vers un développement durable.
D’autres encore s’attache à améliorer l’infrastruct ure communautaire, principalement dans le domaine de l’habitat. Leur revendication du droit au logement prend corps dans leurs programmes d’auto construction populaires.
De tous ces types d’expression, se dégage « une forte ligne revendicatrice ou la réutilisation des déchets n’est pas un objectif ensoi, mais une forme ou un moyen d’exiger une vie plus digne

LA RECUPERATION INFORMELLE DES DECHETS

LA RECUPERATION EN TANT QUE TRAVAIL

Définition

La récupération informelle des déchetsest une activité qui consiste à « trier et extraire manuellement des matériaux recyclables divers et réutilisables depuis les déchets mélangés, dans les décharges légales et illégales. »

Les sources de motivations dans le travail de la récupération des ordures

Pour les villageois d’Andramiarana, les motivations derrière cette activité varient entre les adultes et les enfants. Pour les adultes, les principales raisons sont le manque d’un travail alternatif (souvent à cause d’un faible niveau d’éducation et/ou de discrimination), le besoin d’un revenu plus élevé et la flexibilité qu’il offre dans les heures et les lieux de travail. Les raisons sont plus diverses pour les enfants et peuvent inclure:
· L’incapacité des parents à travailler (handicap, maladie, alcoolisme…) ; les enfants peuvent aussi se sentir responsables dans la famille ;
· Le manque d’infrastructure de base comme l’école, centre de loisir…ces enfants ne sont pas motivés d’étudier vue que le coût desfrais scolaires est trop cher pour eux.
· Comme le décharge est tout juste près de leurs habitations, le ramassage d’ordures est vu comme un standard de vie, les enfants sont réputés plus agiles et rapides pour trier et ramasser les ordures.
· Le travail des enfants est vu comme « normal » (comme d’autres activités : vendeur d’eau, aides aux chauffeurs de bus…).
La faim reste une grande motivation pour récupérer des ordures, cette activité étant moins dangereuse que le vol.

Les sources des revenus

La récupération informelle des déchets

L’arrivée de la dernière vague de migrants a entraîné l’accroissement rapide da la population d’Andramiarana. En fait, c’étaient déjà des professionnels de ce travail de la récupération avant leur arrivé à Andramiarana. Ilsconnaissent bien les déchets récupérables et la valeur de chacune d’entre eux.
A Andramiarana les métaux sont les plus chers. Le travail est surtout fait par les hommes. J’ai rencontré 6 d’entre eux, 4 font de la récupération directe, les 2 restants se considèrent comme commerçants d’objets récupérés,’unl n’excluant pas l’autre. L’absence ou la pénurie des métaux est fréquent, elle dépendde la venue du camion. C’est cette dernière qui semble déterminer le rythme du travail.
Le fer est acheté par des artisans ou grossistes d’Ambalavao Isotry et l’aluminium par ceux d’Ambatolampy. Il s’agit d’artisans fondeu rs ou d’unités industrielles, les prix se situent dans une fourchette allant de 100 à 200 ari ary le kilo de fer, de 6.000 à 9.000 ariary le kilo de cuivre ou l’aluminium . A souligner que certains jours de la semaine reste sans espoir. Cette estimation peut changer au fur du temps, car chaque événement politique ou socio-économique du pays a ses effets sur la vie de cettepopulation.
Une mère d’Andramiarana réclame «depuis la crise de 2002 jusqu’à maintenant, suivi par la fermeture des plusieurs zones franches, nos produits ont chuté de moitié sur les produits textiles, alors que le revenus par les déchets de textile des zones franches vaut la plus grande partie de notre récupération».
Si la récupération des déchets provient d’une situation de grande pauvreté et d’un manque de ressources, les récupérateurs ne sont paspour autant les plus pauvres des habitants. Les plus pauvres sont les mendiants ou les personnes âgées et isolées.

Autres sources de revenus

La population d’Andramiarana n’est pas seulement de s récupérateurs des déchets. Le long rivière d’Ikopa, les sols argileux de la rizières leur permettent de faire d’autres activités, comme l’élevage des canards, des oies, des porcs ,des poulets …D’autres font de la brique ,de la pêche, des artisans, des vendeurs…. En outre, l’ agriculture occupe la troisième place de leurs occupations. Les terres, qui évidemment ne sont pas les leurs, limitent le rendement de leur production. En effet, de maints aspects de travails occupent cette population d’Andramiarana.

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Table des matières

INTRODUCTION
GENERALITES
1. La tuberculose et les mycobactéries
1.1. Historique de la tuberculose
1.2. Les mycobactéries
1.3. De l’infection à la maladie
1.4. Diagnostic et traitement
2. Génotypage des souches du complexe M. tuberculosis
2.1. Les marqueurs génétiques
2.2. Les méthodes de typage moléculaire
2.2.1. La méthode de « Restriction Fragment Length Polymorphism » ou RFLP
2.2.2.Méthodes de typage par « Polymerase Chain Reaction »
 Le VNTR typing
 Le spoligotyping
2.3. Les bases de données SpolDB
3. Applications des techniques de typage moléculaire de M. tuberculosis
3.1. La comparaison de deux isolats
3.1.1.Des études en épidémiologie
3.1.2.Recherche d’une double-infection ou d’une réinfection
3.1.3.Contaminations croisées au laboratoire
3.1.4.Détermination de l’origine d’un foyer dans un cheptel bovin
3.1.5.Recherche de l’existence d’une transmission inter-espèce
3.2. Des études plus globales d’isolats
3.2.1.Déterminer les profils dominants dans un pays
3.2.2.Réaliser des études phylogénétiques
3.2.3.Mettre en évidence de nouvelles sous-espèces
MATERIELS ET METHODES
1. Matériels
1.1. Matériel biologique
1.2.Le Miniblotter MN 45 (Biometra)
1.3.Réactifs et tampons
2. Méthodes
2.1. Principe de la méthode de spoligotyping
2.2.Mode opératoire.
2.2.1.Extraction de l’ADN génomique du complexe M. tuberculosis
2.2.2.Amplification de l’ADN par PCR
2.2.3.Marquage de la membrane de nylon avec les sondes de capture
i2.2.4.Hybridation des amplicons avec les sondes de capture
2.2.5.Révélation de l’hybridation
2.2.6.Déshybridation de la membrane
3. Analyse des résultats
3.1. Enregistrement des résultats
3.2.Analyse sur GelCompar II
3.2.1.Enregistrement des données
3.2.2.Traitement des images
3.2.3.Comparaison des spoligotypes
3.3.Autres analyses
RESULTATS
1. Description globale des spoligotypes
2. Comparaison des spoligotypes à la banque internationale SpolDB4
3. Description des spoligotypes par période d’isolement des souches
3.1.Les « souches 1994-1995 »
3.2.Les « souches 1997-2000 »
3.3.Les « souches 2005-2006 »
4. Evolution des spoligotypes de 1994 à 2006 à Antananarivo
5. Evolution des spoligotypes d’Antananarivo selon l’âge des patients
6. Evolution moléculaire des spoligotypes
DISCUSSION, CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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