Application de la télédétection et des SIG à l’épidémiologie

La fièvre de la vallée du Rift

La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une zoonose (maladie affectant les animaux et occasionnellement transmise à l’Homme) pouvant causer de graves dommages. Elle est due à un arbovirus de la famille des Bunyaviridae et du genre Phlébovirus qui affecte de nombreuses espèces animales domestiques et sauvages [a]. Le virus de la FVR fut tout d’abord isolé en 1930 [a] au Kenya. Des épidémies majeures sont survenues en 1997-1998 au Kenya et en Somalie. En 2000, le virus a été découvert en dehors du continent africain. Des cas ont été confirmés en Arabie saoudite [1] et au Yémen. Le virus s’adaptant à des écosystèmes variés, il est possible que d’autres pays soient exposées.

Cycle et pathologie de la maladie

Lors de la saison des pluies, les zones de bas fond sont alimentées et se transforment en mare temporaire et zones humides . Elles resteront en eau jusqu’à Janvier/Février pour les plus étendues. Les œufs immergés (ponte de la génération précédente) de l’espèce Aedes vont alors pouvoir éclore et donner des moustiques adultes. Les œufs d’Aedes se caractérisent par leur capacité de résistance à la dissécation et peuvent attendre plusieurs saisons avant d’éclore. Les moustiques Aedes, s’ils sont infectés, pourront transmettre le virus à des animaux domestiques et/ou des rongeurs (réservoirs/hôtes intermédiaires de la maladie) par piqûre. D’autres espèces de moustiques, apparues en fin de saison des pluies comme ceux du genre Culex, pourraient servir d’amplificateur de la maladie par contamination horizontal du bétail. La contamination à l’homme s’effectue principalement par contact avec des animaux et manipulation de produits infectés rarement par transmission directe (moustique).

Application de la télédétection et des SIG à l’épidémiologie

L’épidémiologie étudie la distribution et les déterminants des événements de santé dans les populations. En particulier, elle s’intéresse aux relations entre l’occurrence d’une maladie et des caractéristiques environnementales. De nombreuses pathologies sont liées plus ou moins directement à l’environnement. Ce lien est particulièrement fort pour des maladies transmises par des insectes vecteurs (moustiques, tiques…) dont la distribution spatiale est liée à des paramètres environnementaux spécifiques (température, pluviométrie, type de végétation…). L’occupation du sol est donc un indicateur essentiel en épidémiologie [https://www.chatpfe.com] qui peut être cartographié à partir de photos aériennes ou d’images satellites suivant des techniques de classifications. Ces classifications permettent d’obtenir des cartes d’unités paysagères. Des indices environnementaux dérivés de ces cartes peuvent ensuite être aisément calculés et centrés sur les zones à risque de transmission pour évaluer leur implication dans le cycle de la maladie.

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela chatpfe.com propose le téléchargement des modèles complet de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

1. Introduction
1.1 La fièvre de la vallée du Rift
1.2 Le projet EDEN
1.3 Application de la télédétection et des SIG à l’épidémiologie
1.4 Problématique et objectifs du stage
2. Données
2.1 Image Quickbird
2.2 Données sérologiques
2.3 Données collectées sur le terrains
3. Matériel
3.1 Logiciel eCognition
3.1.1 Segmentation
3.1.2 Classification
3.2 Logiciel R
4. Méthode
4.1 La classification supervisée orientée objet
4.2 Méthodologie statistique
4.2.1 La régression logistique
4.2.2 Cas des donnée sérologiques
5. Cartographie de l’occupation du sol
5.1 Définitions des unités paysagères étudiées
Détails sur les unités paysagères
5.2 Choix des paramètres de segmentation
5.3 Analyse des objets générés par segmentation
5.4 Détection des Mares et du bâti
5.5 Carte d’occupation du sol
5.6 Carte détaillée de la végétation des mares
5.7 Occupation du sol à deux échelles de précision
5.8 Résultats
6. Extraction et analyse statistique des variables paysagères
6.1 Passage en classes de végétation à risque
6.2 Création des indices
6.3 Analyse statistique – Relation Incidence FVR / variables paysagères
6.4 Résultats
7. Discussion
Bibliographie
Annexes
Annexe 1 : Caractéristiques de Quickbird
Annexe 2 : Fiche « Parcelle homogène»
Annexe 3 : Fiche « Transect »
Annexe 4 : Résultats de la variation du paramètre d’échelle
Annexe 5 : Texture d’Haralick
Annexe 6 : Modèle Erdas de l’indice de l’eau