Soutenance mémoire
Chimie prébiotique des acides aminés
Apparition de la Vie sur Terre – Origine des petites biomolécules
L’étude des origines de la Vie sur Terre s’intéresse aux conditions et processus qui ont permis l’émergence du vivant sur notre planète. Le fonctionnement actuel des organismes vivants implique la synthèse de nombreuses molécules biologiques plus ou moins complexes dont la machinerie cellulaire élaborée n’existait pas aux origines du vivant. Des scénarios de synthèse alternatifs, dits « prébiotiques » ont donc dû se produire pour former les premières molécules organiques. On appelle ainsi « molécule prébiotique » une molécule organique formée sans l’intervention d’êtres vivants. L’abiogénèse caractérise le passage de l’inerte au vivant. Les peptides dits abiogéniques ont donc été produits dans un environnement naturel plausible mais pas au sein d’organismes vivants.
La question de l’Origine de la Vie suscite de nombreuses réflexions. L’univers est vieux de 13,7 milliards d’années et la Terre n’a « que » 4,5 milliards d’années. Les premières traces d’apparition de la vie, des cyanobactéries, sont datées d’il y a environ 3,5 milliards d’années. Si l’on peut identifier l’apparition de formes de vie anciennes, le mécanisme de cette apparition n’est pas encore clair. Il est très probable que la préexistence d’un monde minéral complexe soit une condition nécessaire pour l’émergence de biomolécules simples. A la fin du XIXème siècle, les premières théories supposent que la vie aurait été apportée par des météorites . Sans aller jusque-là, elles auraient pu apporter certains constituants chimiques nécessaires à la vie. Effectivement, l’analyse de météorites, et notamment celle de Murchison (tombée en Australie en 1969 et récoltée très peu de temps après sa chute, minimisant les possibilités de contamination), a montré qu’elles contenaient une grande variété d’acides aminés et de bases nucléiques ). Le milieu interstellaire constitue donc un lieu possible pour la synthèse prébiotique de composés polyatomiques, avec pour source d’énergie le rayonnement cosmique, les irradiations UV et les décharges électriques.
Cette synthèse primordiale aurait pu aussi se produire dans les océans ou au creux des sources hydrothermales. De nombreuses expériences ont été menées en laboratoire pour tenter de (re-)créer les entités constitutives du vivant à partir d’espèces chimiques compatibles avec les conditions d’une Terre primitive. La plus connue est l’expérience de Miller, qui a montré la formation d’acides aminés après avoir recréé en laboratoire les conditions régnant sur Terre à l’époque de l’apparition de la vie – du moins telles qu’on les concevait dans les années 1950. On pensait en effet que l’atmosphère primitive était essentiellement composée de CH4, NH3 et d’eau sous forme de vapeur. L’atmosphère primitive aurait ainsi été anoxique et nettement réductrice. Miller a donc soumis un mélange de H2, CH4, et NH3 à des décharges électriques mimant les éclairs et à un flux d’eau chauffée mimant la pluie et les océans. Il a alors obtenu un mélange de produits organiques qui a ensuite été baptisé « soupe primordiale ». Les gaz ont notamment formé du HCN et du formaldéhyde (H2CO). Ces molécules à liaisons multiples ont alors réagi avec l’eau pour former onze acides aminés (AAs) différents sur les vingt naturels (sans énantiosélectivité, c.a.d. avec autant de molécules énantomères L que D). En 2011, Parker reprend les échantillons de Miller avec des techniques analytiques plus sophistiquées et réussit à caractériser et quantifier vingt-trois acides aminés, dont certains ne sont pas utilisés par les organismes vivants sur Terre .
Les acides aminés, sont parmi les molécules emblématiques du vivant. Ils constituent les unités monomériques des peptides/protéines. Également molécules emblématiques du vivant, les nucléotides sont les monomères des acides nucléiques. Les nucléotides sont les briques élémentaires de l’ARN (acide ribonucléique) et de l’ADN (acide désoxyribonucléique). La différence entre l’ARN et l’ADN se situe au niveau de la substitution du sucre : l’ARN contient des résidus de ribose (OH) là où l’ADN contient du désoxyribose (H). L’atome d’oxygène supplémentaire sur chacun des nucléotides de l’ARN entraîne une plus grande flexibilité de l’ARN, permettant la formation d’hélices et le rendant chimiquement moins stable.
Les acides α-hydroxylés qui ont des structures proches de celles des acides aminés,. ont été produits lors de réactions prébiotiques . Par ailleurs, en 1960, Oró a mis en évidence l’obtention de nucléobases à partir de cyanure d’ammonium. Sutherland12,13 a montré la formation de nucléotides, d’acides aminés et de glycérol en soumettant un mélange d’espèces chimiques compatibles avec la Terre primitive à des rayons UV.
Il existe donc un certain nombre d’hypothèses plausibles pour expliquer naturellement la formation des « briques de base » du vivant. Mais leur formation n’est qu’une première étape vers la complexité des structures vivantes. Des plus grandes entités ont dû ensuite être formées à partir de ces molécules élémentaires. En particulier, deux des constituants chimiques les plus typiques des organismes vivants sont des polymères de ces briques simples : les protéines sont de longs peptides, c’est-à-dire des polymères d’acides aminés, et les acides nucléiques (ARN, ADN) des polymères de nucléotides.
« Monde ARN » ou « monde des peptides » ?
Pour expliquer l’organisation du vivant au-delà des molécules les plus simples, deux modèles principaux ont été proposés : le « monde ARN » et le « monde des peptides» . Le système à l’origine de la Vie a dû être capable de maîtriser le métabolisme et de conserver l’information génétique ; or dans les cellules modernes ces fonctions sont associées à deux types de macromolécules, respectivement les protéines et l’ADN. Chacune dépendant de l’autre pour son fonctionnement, on se retrouve, pour expliquer leur origine, devant un problème typique du type « l’œuf ou la poule ? ». Dans les années 1980, Walter Gilbert (titulaire d’un prix Nobel pour sa contribution au séquençage de l’ADN) évoque l’hypothèse d’un « monde ARN » dans lequel l’acide ribonucléique serait le précurseur unique des macromolécules biologiques Il envisage un monde ne contenant que des molécules d’ARN qui catalysent la synthèse les unes des autres et se répliquent sans l’intervention d’autres molécules. Les molécules d’ARN auraient ensuite commencé à synthétiser des protéines en liant des acides aminés activés. Enfin, l’ADN serait apparu comme le dernier support de l’information, obtenu à une étape ultérieure par transcription inverse à partir des molécules d’ARN. Le principal problème de ce modèle est qu’il n’explique pas comment les molécules initiales d’ARN ont été formées. Cette question est d’autant plus complexe que, si on connaît des scénarios prébiotiques qui aboutissent aux bases nucléiques ou aux sucres (synthèse du formose) , aucun ne permet encore d’unir une base nucléique, un sucre (le ribose) et un groupe phosphate en une seule molécule.
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Table des matières
Introduction générale
Chapitre I. Etude bibliographique
I. Implication des acides aminés et des surfaces minérales aux origines de la Vie
I.1. Chimie prébiotique des acides aminés
I.2. Oligomérisation des acides aminés (et des nucléotides)
I.3. Etudes expérimentales de la formation de peptides sur surfaces minérales
II. Outils analytiques pour l’étude de la condensation peptidique
II.1. Analyses in situ des produits de polymérisation sur surface de silice
II.2. Méthodes séparatives pour l’analyse de mélanges des peptides
II.3. Analyse par spectrométrie de masse à ultra haute résolution
II.4. Analyse de peptides par la spectrométrie de masse en tandem
II.5. Analyses par spectrométrie de masse et origines de la Vie
III. Description des systèmes étudiés
III.1. Choix des acides aminés
III.2. Spécificités de l’acide glutamique
III.2.2. La question de la régiosélectivité de la condensation : α- et γ-peptides
Chapitre II. Matériels et méthodes
I. Préparation des échantillons
I.1. Dépôt sur surface minérale
I.2. Description de l’ensemble des échantillons testés
I.3. Protocole d’activation thermique
I.4. Etape d’extraction en solution
II. Techniques de caractérisation in-situ des systèmes AAs/SiO2
II.1. Analyse thermogravimétrique
II.2. Diffraction des rayons X
II.3. Spectroscopie infrarouge
III. Analyses ex situ de la solution de désorption
III.1. HPLC-UV
III.2. Spectromètre de masse à haute résolution FTICR
III.3. Spectromètre de masse TIMS-TOF
IV. Considérations théoriques sur la polymérisation des acides aminés
Chapitre III. Sélectivité de polymérisation dans un système binaire (L+E)/SiO2
I. Etude préliminaire du système Leu + Glu
II. Sélectivité de composition des produits de polymérisation
II.1. Etude de la stœchiométrie des oligopeptides formés
II.2. Origine de la sélectivité de stœchiométrie
II.3. L’entropie de Shannon pour évaluer la sélectivité de polymérisation
III. Etude de la régiosélectivité de la polymérisation de (L+E)/SiO2
IV. Etude de l’énantiosélectivité de la polymérisation de (L+E)/SiO2
Chapitre IV. Etude du mécanisme de polymérisation : changement des conditions opératoires
I. Etude cinétique de la polymérisation
I.1. Activation thermique de (L+E)/SiO2 à différentes températures et différents temps de réaction
I.2. Etude de la polymérisation à partir de dipeptides
II. Variation des quantités d’acides aminés déposés sur la silice
II.1. Effet de la densité d’acides aminés déposés : importance de la diffusion de surface
II.2. Variation du rapport Leu :Glu déposé sur la silice
III. Condensation sur d’autres surfaces minérales
III.1. Réactivité de Leu + Glu sur montmorillonite
III.2. Réactivité de Leu + Glu sur alumine
IV. Evaluation d’autres scénarios de polymérisation
IV.1. Cycles d’hydratation /déshydratation
IV.2. Dépôt de Leu et Glu sur des particules de silice différentes
V. Discussion générale
V.1. Rappels des données bibliographiques
V.2. Conclusions de la présente étude
Chapitre V. Vers une généralisation du scénario de polymérisation sur silice
I. Choix de l’acide aminé trifonctionnel : étude de différents systèmes binaires (L+X)/SiO2
I.1. Présentation des systèmes binaires étudiés
I.2. Comparaison de différents acides aminés trifonctionnels
I.3. Comparaison de la réactivité des acides aminés trifonctionnels
I.4. Conclusion sur les systèmes binaires
II. Etude de systèmes plus complexes : polymérisation des mélanges GAVD et GAVE
II.1. Réactivité similaire des deux systèmes : le rôle essentiel du résidu trifonctionnel
II.2. Différence de réactivité entre les systèmes GAVD et GAVE
III. Etude de la polymérisation de nucléotides
Chapitre VI. Etude structurale des oligopeptides formés par condensation sur surface de silice
I. Présentation des techniques utilisées
I.1. Détermination des séquences peptidiques par MS/MS
I.2. Couplage de la spectrométrie de masse avec des techniques de séparation
II. Elucidation structurale des peptides formés par condensation peptidique dans le système Leu + Glu
II.1. Etude structurale des oligopeptides intacts
II.2. Sélectivité de séquence des formes déshydratées
III. Etude de la sélectivité de séquence des produits de condensation
III.1. Séquençage par MS/MS et position de l’acide aminé trifonctionnel
III.2. La question de la régiosélectivité
IV. Etude structurale des formes déshydratées
IV.1. Dipeptides déshydratés
IV.2. Généralisation aux oligopeptides déshydratés
Conclusion générale
