Antibiotiques inhibant le fonctionnement de l’acide désoxyribonucléique (ADN)

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RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

Définition de la résistance aux antibiotiques

La résistance d’une souche bactérienne à un antibiotique est un caractère qui confère à la souche la capacité de croitre en présence d’une concentration élevée de l’antibiotique. Selon l’organisation mondiale de la santé (OMS) une souche est dite résistante lorsqu’elle supporte une concentration d’antibiotique notablement plus élevée que celle qui inhibe le développement de la majorité des autres souches de la même espèce [10].

Types de résistance

Résistance naturelle

La résistance naturelle d’une espèce ou d’un genre est une caractéristique propre appartenant à l’ensemble des souches de cette espèce ou de ce genre. Elle est transmise à la descendance (transmission verticale) car porté par le chromosome. Elle détermine les phénotypes sauvages des espèces bactériennes [10].

Résistance acquise

La résistance acquise concerne une petite partie d’une espèce ou d’un genre pendant un temps  variable. Cette résistance est souvent épidémique avec une transmission horizontale possible entre espèce différente. Elle est liée à une mutation (hyperproduction d’une enzyme préexistante) ou à l’acquisition de matériel génétique étranger [10].

Mécanismes de la résistance

L’origine de la résistance aux antibiotiques peut être due à 6 paramètres différents :
 L’inactivation de l’antibiotique par la production d’enzymes bactériennes qui le dégradent.
 La modification de la cible par la bactérie qui perturbe ainsi l’interaction avec l’antibiotique.
 Le mécanisme d’efflux actif qui permet à certaines bactéries de synthétiser des canaux pour rejeter l’antibiotique à l’extérieur.
 Une diminution de la perméabilité membranaire à l’antibiotique qui de ce fait, ne peut plus atteindre sa cible.
 La protection de la cible par un encombrement stérique ribosomal.
 Le piégeage de l’antibiotique par superproduction de la cible ou par la synthèse de molécules capables de le leurrer. Dans les deux cas, la molécule antibiotique est incapable d’interagir avec sa cible et donc d’exercer son activité [45].

Epidémiologie de la résistance aux antibiotiques

Prévalence

 Dans le monde
– Région OMS des Amériques :
L’Organisation panaméricaine de la Santé, Bureau régional OMS des Amériques, coordonne la collecte de données sur la résistance aux antibiotiques auprès des hôpitaux et des laboratoires dans 21 pays de la région. Les résultats montrent des niveaux élevés de résistance de E. coli aux céphalosporines et aux fluoroquinolones de troisième génération. Deux types de médicaments antibactériens essentiels et fréquemment utilisés en Amérique.
La résistance aux céphalosporines de troisième génération de K. pneumoniae est également importante et largement répandue. Dans certains lieux, les infections à SARM atteignent 90% des cas [54].
– Région OMS de la Méditerranée Orientale :
Les données présentées dans le rapport témoignent d’une résistance aux antimicrobiens largement répandue dans l’ensemble de la Région OMS de la Méditerranée orientale. En particulier, les niveaux de résistance de E. coli aux céphalosporines et aux fluoroquinolones de troisième génération sont élevés. Deux types de médicaments antibactériens essentiels et fréquemment utilisés.
La résistance de K. pneumoniae aux céphalosporines de troisième génération est également importante et largement répandue. Dans certaines parties de la Région, plus de la moitié des souches de S. aureus seraient résistantes à la méthicilline, ce qui signifie que le traitement par les antibiotiques couramment utilisés est inefficace. Le rapport révèle d’importantes lacunes dans le suivi de la résistance aux antibiotiques dans la région [54].
– Région Européenne de l’OMS :
Le rapport révèle que des niveaux élevés de résistance de K. pneumoniae aux céphalosporines de troisième génération ont été constatés dans l’ensemble de la Région européenne de l’OMS. Dans certains lieux, la prévalence des SARM pourrait atteindre 60% [54].
– Région OMS de l’Asie du sud-est :
Les données disponibles révèlent que la résistance aux antibiotiques est un problème en rapide expansion dans la Région OMS de l’Asie du Sud-Est, qui abrite un quart de la population mondiale. Les résultats du rapport indiquent des niveaux élevés de résistance de E. coli aux céphalosporines et aux fluoroquinolones de troisième génération. Deux types de médicaments antibactériens essentiels et fréquemment utilisés dans la Région. La résistance aux céphalosporines de troisième génération de K. pneumoniae est également importante et largement répandue. Dans certaines parties de la Région, plus d’un quart des infections à staphylocoque doré seraient résistantes à la méthicilline , le traitement par les antibiotiques couramment utilisés étant inefficace. En 2011, les ministres de la santé de la Région ont concrétisé leur engagement à lutter contre la résistance aux médicaments dans la Déclaration de Jaipur [54]. – Région OMS du Pacifique occidental :
Récemment, le Bureau régional OMS du Pacifique occidental a adopté des mesures pour donner un nouvel élan à la collaboration régionale. Le rapport fait état de niveaux élevés de résistance d’E. coli aux fluoroquinolones. Un type de médicament antibactérien essentiel et fréquemment utilisé dans la Région.
La résistance de souches de K pneumoniae résistantes aux céphalosporines de troisième génération est également courante. Dans certaines parties de la Région, la prévalence des souches de SARM peut être de l’ordre de 80 [54].
La prévalence des souches de SARM parmi les souches isolées diminue régulièrement en France depuis plus de 10 ans : 55 cas pour 100000 journées d’hospitalisation en 2006 contre 24 cas en 2016. La résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G) chez E. coli a régulièrement augmenté de 2,0 % en 2006 à 11,2 % en 2016 parmi les souches isolées d’infections graves. Le mécanisme de résistance aux C3G le plus fréquent (80 % des cas) est la production de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE). L’incidence des entérobactéries à BLSE (EBLSE) a augmenté de 17 cas pour 100000 journées d’hospitalisation en 2006 contre 71 cas en 2016. Les salmonelloses nosocomiales sont rarement décrites en France. Un bilan des signalements externes d’infections nosocomiales reçus entre 2012 et 2016 retrouve 38 signalements rapportant au moins une infection à Salmonella (0,01% des signalements reçus pour cette période). Parmi ces 38 signalements, 5 mentionnaient une souche résistante aux antibiotiques (ampicilline, ticarcilline, C3G, ciprofloxacine ou carbapénèmes) [44].
 En Afrique :En Afrique de l’Ouest, la résistance aux antibiotiques concerne principalement les bactéries produisant des BLSE avec émergence des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes ainsi que la résistance de S. aureus à la méticilline [57].
L’émergence d’une résistance aux antibiotiques est particulièrement préoccupant pour les entérobactéries produisant des bêta-lactamases à spectre étendu (10 à 100% des colonisations et 30 à 50% des infections). Une tendance similaire a été observée pour la résistance aux carbapénèmes chez les entérobactéries avec des taux allant de 10 à 30% et pour la résistance à la méthicilline chez Staphylococcus aureus, qui dépasse désormais 30% [80].
Au sein de la population hospitalière, la prévalence du portage de béta-lactamase était de 10,3% au Nigéria, de 21,46% dans un Hôpital au Mali et de 31% chez les enfants hospitalisés pour malnutrition au Nigéria [57].
Au Ghana, la moitié des entérobactéries (49,4%) isolées des diverses infections diagnostiquées à l’hôpital korle-bu étaient productrices de BLSE) [57].
Une étude réalisée au Ouagadougou, Burkina Faso sur la caractérisation et sensibilité aux antimicrobiens de Lactococcus lactis isolé des infections endodontiques a montré que 125 patients ont été reçus avec une proportion significative de la tranche d’âge de 19 à 40 ans (55,2%). La parodontite apicale représentait 50,4% et la cellulite 49,6% des cas. Lactococcus lactis ssp. lactis a été identifié dans cinq échantillons d’exsudat. Les isolats étaient 100% résistants au céfixime et au métronidazole, 80% à la ceftriaxone, au céfuroxime, au céfotaxime, au chloramphénicol et 60% à la pénicilline G, à l’amoxicilline et à l’acide amoxicilline clavulanique. Une multirésistance de plus de trois familles d’antibiotiques a été notée [81].
Une étude réalisée dans un hôpital de soins secondaires en Zambie sur La prévalence des bactéries résistantes aux médicaments antimicrobiens portés par l’intérieur et les patients ambulatoires a montré que, 14% des patients hospitalisés portaient S. aureus et 18% des patients ambulatoires. Aucun SARM n’a été trouvé. 90% des patients hospitalisés et 48% des patients ambulatoires portaient une ou plusieurs souches d’Enterobacteriaceae (75% Escherichia coli et Klebsiella pneumonia) résistantes à la gentamicine, à la ciprofloxacine et / ou à la ceftriaxone. Parmi les patients hospitalisés, la résistance à la gentamicine était la plus répandue (78%), tandis que parmi les patients ambulatoires, la résistance
à la ciprofloxacine prévalait (38%). Toutes les entérobactéries résistantes à la ceftriaxone étaient positives pour les BLSE ; ceux-ci étaient présents chez 52% des patients hospitalisés contre 12% des patients ambulatoires [82].
En ce qui concerne la résistance des souches de S. aureus à la méthicilline, les fréquences varient d’un pays à un autre mais restent en général élevées : 16% au Sénégal et au Nigeria, de 20 à 47%, de 36% au Benin et de 35,7% au Togo. En côte d’ivoire une étude dans trois hôpitaux de référence a rapporté un taux de 39% témoignant de l’ampleur du problème des souches de SARM dans la région ouest-africaine [57].
Une étude réalisée dans sept régions du Tchad sur la résistance aux antituberculeux chez les patients atteints de tuberculose pulmonaire a montré que la prévalance des souches résistantes à au moins un antibiotique étaient 22,39%. En outre, 5,21% de souches étaient mono résistantes à la Rifampicine alors que 12,88%de souches étaient mono résistantes à l’Isoniazide. La multi résistance (Rifampicine + Isoniazide) était observée chez 4,29% des isolats. Parmi les patients nouveaux cas, 4,91% des souches étaient mono résistantes et 1,23% multi résistantes. Pour les patients en retraitement 13,19% des souches étaient mono résistantes et 3,07% multi résistantes [56].
Le rapport de l’OMS sur la résistance aux antibiotiques fait état de lacunes majeures dans le suivi de la résistance aux antibiotiques dans la Région africaine de l’OMS, des données n’étant rassemblées que dans un nombre limité de pays. Bien qu’il ne soit pas possible d’évaluer la véritable ampleur du problème, compte tenu du manque de données, celles dont on dispose sont inquiétantes.
Une résistance importante est constatée pour plusieurs bactéries qui se sont propagées dans les hôpitaux et les communautés. Il s’agit notamment de la forte résistance d’E. coli aux céphalosporines et aux fluoroquinolones de troisième génération, deux types de médicaments antibactériens essentiels et largement utilisés. Dans certaines parties de la région, jusqu’à 80% des infections à staphylocoque doré (S. aureus) se sont avérées résistantes à la méthicilline, ce qui signifie que le traitement par les antibiotiques couramment utilisés est inefficace [57].
Une augmentation des taux de résistance de S. pneumoniaie au sulfaméthoxazole / triméthoprime a été signalé en Afrique de l’Est [18].
La prévalence des souches résistantes de S. pneumoniaie provenant des prélèvements de liquide cérébro-spinal est passée de 19% à 69% entre 2003 et 2006. La prévalence des souches résistantes de S. pneumoniaie provenant des prélèvements sanguin est passée de 27% à 60% durant la même période [18].
 Au Sénégal :
Au cours d’une étude réalisée au Laboratoire de Bactériologie-Virologie, du Centre Hospitalier National Universitaire (CHNU) Aristide Le Dantec, Dakar, Sénégal, un total de 1205 souches d’entérobactéries ont été testées. Les prévalences des entérobactéries productrices de BLSE et de carbapénèmases étaient respectivement estimées à 26,2% et 5,1%. Cependant, 3,8% de ces souches résistantes étaient à la fois productrices de BLSE et de carbapénèmases. La majorité de ces souches ont été isolés chez des patients hospitalisés en urologie (32,4%), en chirurgie (27,7%), en médecine interne (18,5%) et en unité de soin intensifs (10%). E. coli, K. pneumoniae, Enterobacter cloacea et Proteus vulgaris étaient les Enterobacteriaceae productrices de BLSE les plus fréquentes. . Leurs prévalences s’élevaient respectivement à 45,2%, 26,2%, 12,6% et 9,2%. En outre, les entérobactéries productrices de carbapenemases étaient principalement constituées de ces mêmes souches avec notamment E. coli (45,2%), K pneumoniae (27,4%), E. cloacae (16,1%) [20].
Une étude de la sensibilité de 190 souches de Shigella flexneri a été conduite à l’Institut Pasteur de Dakar. Ces souches étaient isolées entre 2001 et 2010. Cette étude a montré des taux de résistance différent vis-à-vis des antibiotiques. Les bactéries étaient résistantes principalement à la tétracycline (95%), au chloramphénicol (61%) et au cotrimoxazole (52%). Les souches présentaient des taux de résistance élevés aux aminopénicillines (55 %). Certaines d’entre elles étaient résistantes aux céphalosporines de deuxième et troisième génération mais à de faibles pourcentages. Des résistances aux quinolones, aux fluoroquinolones (deux souches isolées en 2008 et en 2010) et aux carbapénèmes (une souche résistante à l’imipénème isolée en 2009) ont été notées. Trois grands phénotypes de résistance ont été observés. Une augmentation du nombre de souches résistantes a été notée de 2001 à 2007 avec des pics en 2004, 2005 et 2006. En 2007, il y a une diminution de la résistance des souches au chloramphénicol et à l’ampicilline. De 2009 à 2010, on note une résistance élevée et stable au cotrimoxazole et une diminution de la résistance au chloramphénicol. A partir de 2007, la diminution de la résistance aux antibiotiques classiques pourrait être due aux faibles effectifs annuels de souches de Shigella flexneri obtenus [9].
Une autre étude réalisée au Laboratoire de Bactériologie du Centre Hospitalier Universitaire (CHU) Aristide le Dantec en 2011 a montré e que 31,7% des souches de K. pneumoniae étaient productrices de BLSE. Parmi ces 44 souches, 75% étaient d’origine nosocomiale. Les auteurs de cette étude ont démontré que toutes les souches de K. pneumoniae étaient résistantes à l’Amoxicilline, à la Pipéracilline et à la Céfalotine. La majorité des souches de K. pneumoniae BLSE avait en outre une résistance à l’association sulfaméthoxazole/triméthoprime (95,2%), à la Gentamicine (78,6%), à la Ciprofloxacine (67,4%) et à l’Amikacine (41%) [19]. Des résistances aux antimicrobiens ont été observés dans les isolats indicatifs de E. coli pour tous les antimicrobiens, la prévalence la plus élevée de non-sensibilité étant observée pour la tétracycline au niveau de l’isolat (92,2 %) et de l’élevage (100%). Pour les autres antimicrobiens, au niveau de l’isolat, la prévalence la plus élevée de non-susceptibilité a été observée pour le sulfisoxazole (80,8%), le triméthoprime-sulfaméthoxazole (76,7%), la streptomycine (47,7%) et l’acide nalidixique (44,0%), la plus faible prévalence était observée pour la gentamicine (3,1%), l’amoxicilline et la céfoxitine (5,7% chacune) et les C3G (ceftriaxone et ceftiofur, 7,2% chacun). Au niveau de la ferme, des tendances similaires dans la prévalence da la non-susceptibilité ont été observées en ce qui concerne le niveau des isolats [71].
Une autre étude réalisée au CHU Aristide Le Dantec portant sur 474 souches de E. coli et de K. pneumoniae collectées entre décembre et janvier 2013 a montré des résultats préoccupants. En effet 31,2% des souches de E. coli et 50,5% des souches de K. pneumoniae étaient productrices de BLSE. Ces dernières étaient toutes résistantes à l’amoxicilline, à la céfalotine, à la céfamandole, à l’aztréonam et à la ceftazidime. La majorité des souches avait en outre développé des taux élevés de résistance à des antibiotiques n’appartenant pas aux bêtalactamines telles que l’association sulfaméthoxazole/triméthoprime (90,5%), la ciprofloxacine (78,7%), la gentamicine (69,8%) et la tétracycline (67,1%) [16].
Dieng et al ont évalué le profil de sensibilité des souches de Haemophilus influenzae isolés du tractus respiratoire chez les enfants de moins de 5 ans. Les auteurs de cette étude ont montré que l’ampicilline, l’amoxicilline/acide clavulanique et la céfuroxime étaient actives chez 94,7% des souches. En revanche toutes les souches étaient résistantes à l’association triméthoprime/sulfaméthoxazole [27].
Une étude conduite par Camara et al a permis d’évaluer le profil de sensibilité de Streptococcus pyogenes vis-à-vis de 17 antibiotiques. Les résultats de cette étude ont révélé que 37,7% et 40% des souches ont respectivement développé une résistance complète et intermédiaire face à la spiramycine [17].
Une étude réalisée auprès de 218 patients atteints de tuberculose a montré que, parmi 203 souches de M. tuberculosis seule 2 étaient résistantes à l’isoniazide soit un taux de résistance de 1%. Par contre la rifamycine était active sur l’ensemble de ces souches de ces souches [8].
Une étude réalisée au laboratoire de bactériologie de l’hôpital Aristide le Dantec et au laboratoire privé de biologie médicale bio-24, a mis en évidence l’aspect moléculaire des bêta-lactamases à spectre étendu multi résistantes et secrétant des souches d’entérobacterie. Les séquences résultantes ont été soumises au site NCBI-Blast pour le typage génétique. Les gènes CTX-M dans le groupe 1, CTX-M dans le groupe 9, OXA1 et CMY1 ont été trouvés dans 96%, 18%, 85% et 56% des souches, respectivement. Le séquençage nucléotidique de 15 CTXM1 a permis de récupérer le CTX-M15. Ces gènes de résistance peuvent être associés à ceux des quinolones et / ou des carbapénèmes et conduire ainsi à une impasse thérapeutique, d’où la nécessité de renforcer la lutte contre la résistance bactérienne [26].

Causes

Dispensation inappropriée et qualité inférieure des médicaments

L’absence de réglementation appropriée dans la vente d’antibiotiques est un facteur déterminant dans l’accès et l’utilisation abusive des antibiotiques. Dans la plupart des pays en développement, les antibiotiques peuvent être achetés, sans prescription médicale et sont généralement distribués dans les rues par des personnes non qualifiées. Les vendeurs clandestins des médicaments semblent plus accessibles au public. En effet le temps d’attente pour l’achat des médicaments est plus court. Ces vendeurs ne facturent pas de frais de consultation et sont surtout disposés à négocier des options de traitement pour s’adapter à la capacité financière des patients. Les pharmacies de détail des pays en développement, en particulier en Afrique, sont les premiers recours aux soins et offre des services de conseils, de diagnostics, de prescription et de délivrance de médicaments.
Il a également été démontré que de nombreux antibiotiques en Afrique sont de qualité pharmacologique douteuse. Les conditions climatiques défavorables, telles que des températures ambiantes élevées et une humidité élevée, peuvent affecter la qualité des médicaments.
. L’afflux d’antimicrobiens contrefaits et de qualité inferieure sur les marchés pharmaceutiques dans certaines régions est un problème majeur, car la consommation de ces médicaments peuvent être à l’origine de la RAM [7].

Prescription inappropriée

La prescription irrationnelle contribue à la survenue de la résistance aux antibiotiques. Des études ont montré que l’indication du traitement, le choix de l’antibiotique ou la durée de l’antibiothérapie sont incorrectes dans 30 à 50% . Une étude américaine a révélé qu’un agent pathogène avait été identifié chez seulement 7,6% parmi 17435 patients pour une pneumonie aigue communautaire. En comparaison les chercheurs de l’institut Karolinska en Suède ont pu identifier l’agent pathogène probable chez 89% des patients atteints de pneumonie grâce à l’utilisation de techniques de diagnostic moléculaire. De plus, 30% à 60% des antibiotiques prescrits dans les unités de soins intensifs (USI) ont été juges inappropriées. Ces pratiques de prescriptions innadequate exposent les patients à des complications potentielles de l’antibiothérapie [70].
Les prestataires de santé jouent un rôle essentiel dans le traitement et la prévention des maladies, mais peuvent le compromettre si leurs pratiques ne sont pas fondées sur des données probantes. Par exemple, les pratiques de prescription des antimicrobiens varient d’un médecin a l’autre dans la plupart des pays.. En raison du ratio médecin/patient dans la plupart des pays en développement, les médecins sont confrontés à une charge de travail énorme. Cette situation est à l’origine d’un déficit de communication entre eux et les patients à propos des conséquences de la non observance du traitement.. Le traitement consiste parfois à administrer des antibiotiques à large spectre sans diagnostic précis et sans indication de traitement antimicrobien. Dans une étude libanaise, il a été démontré que dans 52% des cas, la dose prescrite n’était pas appropriée alors que 63,7% des médecins prescrivaient des antibiotiques dont la durée du traitement était erronée.
En raison du manque de système de surveillance efficace et fiable et de la faible diffusion de l’information sur la recherche, les professionnels de la sante dans les pays en développement, manquent d’information sur le profil de la RAM au niveau communautaire. Dans les hôpitaux dotés de capacité avancée, les médecins s’appuient principalement sur le profil de résistance ou de sensibilité de l’agent pathogène isolé d’un patient. Le personnel de la santé en milieu rural qui n’a pas la capacité d’effectuer des tests de RAM a de la difficulté à décider du choix de l’antibiotique. Par conséquent, les professionnels de la sante utilisent de plus en plus des antibiotiques à large spectre pour traiter les infections causées par plusieurs espèces de bactéries ou celles pour lesquelles l’établissement de l’étiologie est difficile ou prend beaucoup de temps. Cette pratique contribue au développement de la résistance car le médicament exerce une pression sélective, non seulement sur l’agent étiologique de la maladie, mais aussi sur une grande partie de la flore bactérienne du patient. Certains professionnels de la sante émettent des ordonnances qui ne sont pas fondées sur des données probantes et s’appuient sur une approche symptomatique pour les infections acquises dans la communauté ainsi que pour les patients hospitalisés. C’est à dire que le traitement est basé sur des signes et des symptômes facilement reconnus ainsi que le micro-organisme le plus souvent responsable de ces syndromes. Cette pratique est en hausse en raison de l’absence de conséquences juridiques d’une prescription erronée d’antibiotiques. Les résultats préliminaires d’une étude réalisée au Cameroun ont révélé qu’un nombre important de médecins est susceptible de prescrire des antibiotiques pour traiter la diarrhée causée par le rotavirus, en raison du manque de capacité à établir le diagnostic. Par crainte de mauvais traitements, certains médecins peuvent prescrire à l’aveugle des antibiotiques à large spectre. En outre en raison des incitations financières des fournisseurs de médicaments, certains médecins sont disposés à prescrire plusieurs antibiotiques pour la même indication [7].

Mauvais usage des antibiotiques

Dès 1945, Sir Alexander Fleming avait sonné l’alarme au sujet de la surutilisation des antibiotiques . Ce phenomene augmente le risque de survenue de la resistance.. Les études épidémiologiques ont démontré une relation directe entre la consommation d’antibiotiques et l’émergence et la dissémination de souches bactériennes résistantes [70].
Aux Etats-Unis, le nombre d’antibiotiques prescrit indique qu’il y’a beaucoup de travail à faire pour réduire l’utilisation de ces médicaments. Une analyse de la base de données IMS Health Midas a montré une large augmentation de la consommation des antibiotiques vendus dans les pharmacies de détail et les pharmacies hospitalières.. . Dans certains Etats, le nombre de prescriptions d’antibiotiques par année dépasse celui de la population, soit plus d’un traitement par personne par an [70].
Dans de nombreux autres pays, les antibiotiques sont disponibles en vente libre sans ordonnance. Cette absence de réglementation rend les antibiotiques facilement accessibles, abondants et bon marché. Cela favorise leur surutilisation. Aujourd’hui, la possibilité d’acheter de tels produits en ligne les a également rendus accessibles. [70].
4. 2.4. Utilisation des antibiotiques chez les animaux et les végétaux Les antibiotiques sont utilisés pour prévenir et traiter les maladies chez les animaux. Ils sont également utilisés comme promoteurs de croissance chez les animaux de production. En outre, ils sont utilisés comme additifs dans l’agriculture (fruits, légumes, orchidées, et.), en particulier dans la pratique de la prophylaxie des arbres fruitiers et l’application d’antibiotiques contenant du fumier sur les terres agricoles et dans les procèdes industriels [7].
Le transfert de bactéries résistantes aux humains par les animaux d’élevage a été observé pour la première fois il y’a plus de 35 ans, lorsque des taux élevés de résistance aux antibiotiques ont été détectés dans la région intestinale des animaux d’élevage [70].
Plus récemment, des méthodes de détection moléculaires ont démontré que les bactéries résistantes des animaux d’élevages atteignent les consommateurs par l’intermédiaire de produits carnés. Cela se produit par, l’utilisation d’antibiotiques dans la production d’animaux destinés à l’alimentation, ce qui permet aux bactéries résistantes aux antibiotiques de prospérer. Ces bactéries sont transmises aux humains par la chaine alimentaire. Ces bactéries peuvent causer chez les humains des infections qui peuvent avoir des conséquences néfastes sur la santé. L’utilisation d’antibiotiques à des fins agricoles affecte également la flore environnementale [70]. Ces bactéries résistantes chez les animaux peuvent être transférées aux humains par la consommation d’aliments, par contact direct avec les animaux ou par la propagation dans l’environnement (par exemple, d’eaux usées et d’eaux de ruissellement provenant des sites agricoles). L’utilisation d’antibiotique en soin de santé, en agriculture ou en milieu industriel exerce une pression de sélection qui peut favoriser la survie des souches résistantes au détriment des souches sensibles, entrainant une augmentation relative des bactéries résistantes. On sait maintenant que l’augmentation de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries affectant les humains et les animaux est principalement influencée par une augmentation de l’utilisation d’antibiotiques à diverses fins, notamment à des fins thérapeutiques et non thérapeutiques dans la production animale. Une forte association entre l’utilisation agricole des antibiotiques et le développement de la résistance a été suggérée, et il a été démontré que la majorité des antimicrobiens utilisés dans le monde ne sont pas consommés par les humains, mais sont plutôt donnés aux animaux à des fins de production alimentaire. Des bactéries multi résistantes (BMR) ont été détectées dans la viande et les produits frais [7].
Ces résultats démontrent en outre que les animaux de production constituent un réservoir important de bactéries résistantes aux antibiotiques et présentent un risque majeur de dissémination et de transmission de bactéries résistantes aux antimicrobiens en Afrique ainsi que dans de nombreux pays en développement [7].
Une grande partie de la population des pays en développement vit en étroite proximité avec les animaux, ce qui augmente les chances de transmission des micro-organismes résistants des animaux aux humains par la manipulation des animaux. Dans une étude récente menée dans les régions rurales de Bangladesh [7]. .
Les fournisseurs de soins aux animaux ont plus souvent cherché à obtenir des soins de santé animales auprès de pharmacies et de médecins villageois, citant les deux derniers comme moins couteux et plus fructueux sur la base des performances passées. En l’absence d’un système de santé animale efficace, les villageois dépendent de fournisseurs de soins de santé informels pour le traitement de leurs animaux. Cela peut conduire à une utilisation sous-optimale des antibiotiques dans de telles situations avec des pratiques d’élevage non hygiéniques. En aquaculture, une forte utilisation d’antibiotiques prophylactiques a été signalée dans les pays en développement et constitue un problème croissant pour la santé humaine et animale pour l’environnement (45). Globalement, la limitation de l’utilisation systématique d’antibiotiques dans les aliments du bétail améliorera la santé humaine et animale, en réduisant le développement et la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les soins de santé. Par conséquent, une utilisation judicieuse des antibiotiques dans les soins de santé et l’agriculture est essentielle pour ralentir l’émergence de la résistance et étendre la durée de vie utile d’antibiotiques efficaces qui existent aujourd’hui. Les ressources d’information dans les pays en développement doivent être renforcées pour soutenir les professionnels de la santé, les patients, les éleveurs, afin que la société puisse mieux comprendre la valeur et l’importance des antimicrobiens, en particulier les antibiotiques. L’utilisation excessive d’antibiotiques chez les animaux et l’agriculture et les conséquences pour la santé publique justifient l’importance de limiter l’utilisation inappropriée d’antimicrobiens dans l’agriculture et dans le secteur vétérinaire [7].
Une récente étude a révélé la présence de résidus de médicaments dans les rivières. Les rivières les plus polluées se trouvent au Kenya, au Ghana, au Nigéria, au Pakistan ou encore au Bangladesh [7].
Cependant, le problème n’épargne ni l’Europe ni l’Amérique, deux continents qui présentent également des cours d’eau contaminés. Les sites à haut risque se trouvent généralement à proximité de décharges de déchets ou d’égouts. La surconsommation humaine et vétérinaire expliquerait ce phénomène, car le corps ne métabolise pas toutes les molécules ingérées et en rejette une partie par l’intermédiaire des excréments. Par ailleurs, les rejets d’usines de fabrication d’antibiotiques peuvent aussi jouer un rôle dans cette pollution qui, selon l’étude, favoriserait le développement de bactéries multi résistantes. Résoudre le problème est un défi monumental, concluent les scientifiques qui insistent sur la nécessité d’investir dans des infrastructures de gestion des déchets et de traitement des eaux usées [29].
La tétracycline et la streptomycine sont pulvérisées sur les arbres fruitiers pour agir comme pesticides dans l’ouest et le sud des Etats-Unis. Bien que cette application représente une proportion beaucoup plus faible de l’utilisation globale d’antibiotiques, cette pratique contribue également à l’exposition des micro-organismes dans l’environnement à des agents inhibiteurs de la croissance, la modification de l’écologie environnementale par l’augmentation de la proportion de micro-organismes résistants. Les produits antibactériens vendus à des fins d’hygiène ou de nettoyage peuvent également contribuer à ce problème, étant donné qu’ils peuvent limiter le développement d’immunité contre les antigènes environnementaux chez les enfants et les adultes. Par conséquent la polyvalence du système immunitaire peut être compromise, ce qui peut accroitre la morbidité et la mortalité attribuables à des infections qui ne seraient pas habituellement virulentes [70].

Surveillance inadéquate et tests limités sur la sensibilité des antibiotiques en laboratoire

La disponibilité de tests de sensibilité aux antibiotiques de routine pour fournir de l’information sur les tendances de la résistance, y compris la résistance émergente, est très essentielle pour la pratique clinique courante et pour l’élaboration de politiques efficaces contre la RAM. Les tests de sensibilité aux antibiotiques ne sont pas souvent effectués dans la plupart des laboratoires ruraux en raison d’un manque de ressources humaines. En l’absence d’essais de susceptibilité antimicrobiennes au patient, les données de surveillance des antibiotiques au niveau communautaires peuvent être très utiles aux professionnels de la santé. Une telle surveillance doit être effectuée régulièrement et continuellement car les taux de résistance peuvent varier au cours du temps [7].

Conséquences de la résistance aux antibiotiques

Conséquences cliniques

La RAM représente l’un des défis majeurs de santé publique dans le monde. On estime que, si aucune mesure n’est prise, elle tuera 10 millions de personnes par an d’ici 2050, avec un plus grand impact en Afrique. Ainsi, sous l’égide de l’OMS, un plan d’action mondial pour lutter contre ce phénomène a été adopté en 2015 au cours de la Soixante-huitième Assemblée Mondiale de la Santé.
La résistance aux antibiotiques limite l’efficacité thérapeutique de ces médicaments contre les agents pathogènes qui leur sont d’emblée résistants ou bien qui acquièrent, pendant le traitement, une résistance transférable à partir d’autres micro-organismes de la flore du malade [55].
L’utilisation extrêmement répandue des antibiotiques favorise la prolifération d’autres bactéries résistantes de la flore du malade traité. Ce processus (surinfection) peut avoir des conséquences cliniques importantes, surtout chez les sujets hospitalisés dont beaucoup ont une sensibilité accrue à l’infection par des micro-organismes qui envahissent rarement les personnes en bonne santé. Chez de tels malades, ces micro-organismes sont souvent responsables de complications respiratoires ou septicémiques qui peuvent être beaucoup plus dangereuses que l’infection pour laquelle l’antibiotique a été prescrit. Le large spectre de résistance qu’on trouve chez les bactéries les plus répandues limite sérieusement la possibilité d’arrêter l’extension des micro-organismes résistants par un emploi sélectif d’antibiotiques [55].
Chaque année en France, 160.000 patients contractent une infection par une BMR aux antibiotiques, et plus de 12.500 patients en meurent directement. La résistance aux antibiotiques entraîne un surcroit de mortalité car elle limite les options thérapeutiques pour les infections bactériennes. En France, la proportion des infections dues à des bactéries résistantes est en augmentation à l’hôpital et en ville [3]. L’antibiorésistance est un enjeu de santé publique majeur en France et dans le monde. Il est urgent d’agir sans délai sous peine d’entrer dans une ère post-antibiotique, dans laquelle les infections bactériennes pourraient redevenir mortelles [3].
Aujourd’hui encore, 700 000 personnes meurent chaque année d’infections résistantes. Les antibiotiques sont largement utilisés en médecine moderne ; s’ils perdent leur efficacité, les procédures médicales vitales (telles que la chirurgie intestinale, les césariennes, les remplacements articulaires et les traitements qui affaiblies le système immunitaire, tels que chimiothérapie du cancer) pourraient devenir trop dangereux à exécuter [51].

Conséquences économiques

Le coût de la résistance aux antibiotiques est estimé à 55 milliards de dollars aux États-Unis et 1,5 milliards d’euros en Europe. Le coût cumulé de l’antibiorésistance pourrait dépasser 100.000 milliards de dollars d’ici 2050 si rien n’est fait pour lutter contre les bactéries résistantes [3].
La surconsommation d’antibiotiques en ville entraine en France une dépense supplémentaire de 71 millions d’euros par rapport à la moyenne européenne, et de 441 millions d’euros par rapport aux pays où la consommation d’antibiotique est jugée rationnelle. En France en 2013, 97,6 millions de boites d’antibiotiques ont été remboursées par l’Assurance Maladie. Or entre 30% à 50% des antibiothérapies sont inutiles où inadaptées. Une partie des dépenses supplémentaires entraînées par la surconsommation d’antibiotiques est due à une prolongation des hospitalisations, nécessaires pour traiter les infections à BMR. Les coûts associés à ces infections sont importants et les stratégies de contrôle des bactéries résistantes à l’hôpital permettent non seulement de sauver des vies, mais aussi de faire des économies [3].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
I. GENERALITES SUR LES ANTIBIOTIQUES
1. Définition des antibiotiques
2. Historique des antibiotiques
3. Classes d’antibiotiques
3.1. Antibiotiques inhibant la synthèse de la paroi bactérienne
3.2. Antibiotiques inhibant la synthèse des protéines
3.3. Antibiotiques inhibant le fonctionnement de l’acide désoxyribonucléique (ADN)
3.4. Antibiotiques entrainant la destruction de la membrane cytoplasmique
4. Indications des antibiotiques
5. Effets indésirables des antibiotiques
II. RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES
1. Définition de la résistance aux antibiotiques
2. Types de résistance
2.1. Résistance naturelle
2.2. Résistance acquise
3. Mécanismes de la résistance
4. Epidémiologie de la résistance aux antibiotiques
4.1. Prévalence
4.2. Causes
4.2.1. Dispensation inappropriée et qualité inférieure des médicaments
4.2.2. Prescription inappropriée
4.2.3. Mauvais usage des antibiotiques
4.2.4. Utilisation des antibiotiques chez les animaux et les végétaux
4.2.5. Surveillance inadéquate et tests limités sur la sensibilité des antibiotiques en laboratoire
5. Conséquences de la résistance aux antibiotiques
5.2. Conséquences économiques
III. INITIATIVE DE LUTTE CONTRE LA RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES 
1. Au niveau international
2. En Afrique
3. Au Sénégal
DEUXIEME PARTIE : Travail Personnel
I. BUT DE L’ETUDE
II. OBJECTIF DE L’ETUDE
1. Objectif général
2. Objectifs spécifiques
III. CADRE D’ETUDE
IV. METHODOLOGIE
1. Type et période d’étude
2. Population d’étude
3. Echantillonnage
3.1. Critères de sélection
4. Collecte des données
5. Saisie et analyse des données
6. Considérations éthiques
V. RESULTATS
1. Taux de réponse
2. Résultats descriptifs
2.1. Caractéristiques sociodémographiques
2.2. Fréquence d’utilisation des antibiotiques
2.3. Connaissance des antibiotiques
2.4. Sensibilisation sur la résistance aux antibiotiques
2.5. Pratiques concernant la consommation des antibiotiques
3. Résultats analytiques
3.1. Facteurs associés à l’arrêt du traitement antibiotique
3.2. Facteurs associés à la conservation de restes d’antibiotiques au domicile
3.3. Facteurs associés à l’utilisation de restes d’antibiotiques lors d’un rhume, l’angine ou la grippe sans consulter le médecin
3.4. Facteurs associés à l’achat d’antibiotiques sans prescription médicale
3.5. Facteurs associés au commencement d’un traitement antibiotique après un simple appel téléphonique avec un médecin sans un examen médical adéquat
VI. DISCUSSION
1. Taux de réponse
2. Caractéristiques sociodémographiques
3. Consommation d’antibiotiques
4. Connaissance des antibiotiques
5. Sources d’information
6. Pratiques
7. Facteurs associés aux pratiques inadéquates
7.1. Facteurs associés à l’arrêt d’un traitement antibiotique lorsqu’on commence à se sentir mieux
7.2 Facteurs associés à la conservation de restes d’antibiotiques pour les réutiliser à l’avenir
7.3 Facteurs associés à l’achat d’antibiotiques sans prescription médicale
7.4. Facteurs associés au commencement d’un traitement antibiotique après un simple appel téléphonique avec un médecin sans examen médical adéquat.
8. Limites de l’étude
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES
ANNEXES

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