Soutenance mémoire
Techniques de marquage moléculaire
Un marqueur moléculaire ou génétique désigne tout fragment spécifique d’ADN pouvant être identifié au sein du génome. Ces marqueurs sont utilisés pour localiser un gène particulier ou vérifier si un individu a hérité d’une caractéristique particulière d’un organisme parent. Dans un croisement génétique, les caractéristiques d’intérêt resteront généralement liées aux marqueurs moléculaires ce qui permettra donc de sélectionner les individus chez lesquels le marqueur moléculaire est présent, étant donné que ce marqueur indique la présence de la caractéristique recherchée.
Un marqueur génétique « idéal » doit présenter les caractéristiques suivantes :
– Polymorphe : la « matière première » du généticien est la variabilité.
– Multi-allélique.
– Co-dominant : l’hétérozygote présente simultanément les deux caractères des deux parents homozygotes.
– Non épistatique : son génotype peut être « lu » à partir de son phénotype quel soit le génotype aux autres locus. La codominance et la non-épistasie peuvent être respectivement définies comme l’absence d’interactions intra et inter locus.
– Neutre : les substitutions alléniques au locus marqueur n’ont pas d’autres effets phénotypiques (et donc effectivement sélectifs) que ceux qui permettent de déterminer son génotype. Dans leur très grande majorité, les polymorphismes moléculaires sont neutres.
– Insensible au milieu : le génotype peut être inféré à partir du phénotype quel que soit le milieu.
Les marqueurs morphologiques répondent mal à ces critères. Ils sont peu polymorphes, en général dominants, ils interfèrent souvent avec d’autres caractères, et peuvent être influencés par le milieu. En outre, même s’ils sont très nombreux chez certaines espèces (plusieurs centaines chez certaines espèces comme le riz et le mais), peu d’entre eux peuvent être conjointement polymorphes dans une descendance donnée. En revanche, les marqueurs biochimiques ou moléculaires ont pour la plupart, toutes ces qualités.
Les marqueurs biochimiques et moléculaires ont de nombreuses applications en génétique des plantes. Ils permettent d’observer, de façon plus ou moins fine, le polymorphisme de séquences de l’ADN d’un certain nombre de sites ou de locus répartis sur le génome. En plus, les marqueurs biochimiques révèlent le polymorphisme des séquences de certaines protéines et donc, de façon indirecte, le polymorphisme des séquences d’ADN à partir desquelles elles sont traduites. Les marqueurs moléculaires révèlent directement le polymorphisme de l’ADN de séquences ciblées correspondant ou non à des séquences codantes.
Parmi les techniques de marquage on peut citer :
– La technique de RAPD : (random amplified polymorphic DNA). L’amplification aléatoire d’ADN polymorphe est une technique d’analyse de l’ADN utilisée en biologie moléculaire. La technique RAPD est basée sur la méthode PCR.
L’amplification du DNA génomique est, cette fois ci, réalisée à partir d’amorces de séquences aléatoires (10 bases, environ), utilisées seules ou par couples. Lorsqu’une seule amorce aléatoire est utilisée, l’amplification a lieu une fois celle-ci se fixe sur 2 sites complémentaires peu distants (maximum théorique de la PCR : 3000 pb).
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Table des matières
Introduction
Matériel et méthodes
I. Matériel biologique
II. Techniques
1) La lyophilisation
2) L’extraction de l’ADN
3) La technique PCR
4) La technique de marquage moléculaire
5) La technique d’électrophorèse
I. Electrophorèse sur gel d’agarose
II. Electrophorèse sur gel d’acrylamide
6) Les Amorces
Définition
Les amorces utilisées
Partie pratique
Résultats
CONCLUSION
Bibliographie
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