Analyse de la qualité bactériologique des eaux

Pendant longtemps, les hommes se sont peu préoccupés de leur milieu naturel, s’ingérant dans la nature et usant d’elle sans compter, aménageant à tour de bras, et rejetant largement effluents et déchets de toutes sortes. Croyant aux propriétés purificatrices sans limite de l’environnement aquatique, ils l’ont utilisé sans crainte comme poubelle du monde, déversant dans les eaux littorales tous les rejets, toxiques ou non, radioactifs ou pétroliers, aussi bien dans les estuaires qu’à proximité des côtes. Le constat a été dramatique…. Selon Lacaze et Ramade (1993), l’océan, lui-même, n’est plus considéré officiellement comme un réservoir infini. On a enfin réalisé les limites de sa taille comme celles de son pouvoir, ces limites qui ne sont pas loin d’être atteintes pour plusieurs zones côtières (lagunes, baies, anses, ports, estuaires…etc).

Pour les mers fermées, les menaces sont inversement proportionnelles à leur dimension (Lacaze et Ramade, 1993), Bordées par des nations industrieuses et industrielles, la mer Baltique, la mer du Nord, la Manche, la Méditerranée… sont en danger. Leurs surfaces et leurs volumes sont limités et les brassages par les courants y sont faibles (Arrignon, 1991). La Méditerranée qui ne représente que 1% de la surface des océans (Gallini, 2008), est l’un des milieux marins et côtiers les plus riches mais aussi l’un des plus vulnérables au monde du fait de son exposition à tout un ensemble de nuisances dont 80 % sont d’origine terrestre. Ses eaux baignent 22 pays riverains qui comptent plus de 4. 10⁸ habitants dont 143.10⁶ résident dans les zones côtières ; a ceux-ci s’ajoutent chaque année quelque 175.10⁶ de visiteurs, dont plus de la moitié de ses agglomérations urbaines ne disposant pas de stations d’épuration de leurs eaux résiduaires, 60 % d’entre elles déversent directement leurs eaux usées dans la mer et plus de 80 % des décharges de ces pays méridionaux et orientaux ne sont pas contrôlées, (MeHSIP, 2008).

Le milieu marin méditerranéen est particulièrement exposé au déversement de déchets agricoles, de particules en suspension dans l’air et d’eaux de ruissellement chargées d’agents pathogènes, de métaux lourds, de matières organiques polluantes, d’huiles et de substances radioactives, (MeHSIP, 2008), dont l’origine sont les activités industrielles,le transports maritimes (30% du trafic maritime mondial) et les activités domestiques avec des rejets en mer estimés à 6.10⁵ tonnes chaque année, soit l’équivalent de 30 catastrophes de type « Erika » (Gallini, 2008).

Présentation de la zone d’étude 

La zone d’étude correspond à la partie extrême, Nord- Est du littoral algérien, délimitée à l’Ouest par le cap de Garde et à l’Est par le cap Segleb et comprend le Golfe d’Annaba et le littoral d’El kala.

Le Golfe d’Annaba

Le Golfe d’Annaba est limité à l’Ouest par le Cap de Garde (57° 16′ E 36° 58’ N) et à l’Est par le Cap Rosa (8°15’ E et 36° 58’ N). La façade maritime de cette zone s’étend sur une longueur d’environ 21,5 milles (40 Km) de côtes représentant un potentiel halieutique très important .

Le plateau continental est étroit et accidenté dans son ensemble avec un fond hétérogène surtout au voisinage des deux Caps. Il est nettement restreint au Nord du Cap de Garde (4,5milles), puis s’élargit dans le Golfe jusqu’à 14,5 milles avant de se rétrécir légèrement à l’Est au voisinage du Cap Rosa (Vaissiaire et Fredj, 1963). Entre les deux Caps, la profondeur moyenne est estimée à 50 m avec une profondeur maximale de 63 m. La plate-forme continentale s’avance jusqu’à 10 milles seulement au large (Gruvel, 1926).

La bathymétrie entre les deux caps limitant le Golfe d’Annaba est estimée à 65m. Les isobathes-10 m et -20 m sont très rapprochées de la côte nord du Cap de Garde, les deux lignes s’éloigne l’une de l’autre, au niveau de l’oued Seybouse jusqu’au port (sud du golfe) L’isobathe -50 m est détachée des isobathes précitées (Vaissiaire et Fredj, 1963). Concernant les caractères physico- chimiques, la température joue un rôle majeur dans les variations de la densité de l’eau. D’après Frihi (1995) au Sud-Est du Golfe d’Annaba, la température moyenne varie entre 16°C en hiver et 28,8 °C en été avec une amplitude de 12,8 °C. Comme pour la température, la salinité diffère entre les deux secteurs, les valeurs varient de 31.4 à 37.5 mg/l avec une amplitude de 6.5 mg/l. Au Nord-Ouest, la salinité est sensiblement stable et varie entre 36.9 et 37.6 mg/l avec une amplitude réduite de 0.7 mg/l. Ces variations de salinité entre les deux régions sont dues aux rythmes du débit des oueds Seybouse et Boudjemâa. D’après les travaux de Lacombe (1973), se rapportant à l’aspect physique des eaux méditerranéennes, la vitesse du courant atlantique circulant dans cette mer est de 0.5 à 0.7 m/s. En général l’hydrodynamisme sur le littoral Est Algérien est marqué par des mouvements de faible amplitude. Dans le golfe, il existe un courant dirigé d’Ouest vers l’Est avec des vitesses fluctuantes selon les saisons (0,8 à 2,5 noeuds), qui passe à quelques milles au large. Un autre de plus faible intensité (0,5 à 1,5 nœuds) circule à proximité de la rive Ouest (Anonyme, 1976). Les houles sont d’origine Nord-Ouest à Est-Nord- Est. Elles peuvent être classées en trois catégories: deux directions du large Nord-Est et Est-Nord- Est avec amplitude de 1.2 à 6 m ; deux directions Ouest et Ouest Nord Ouest avec une amplitude de 1 à 5 m et des houles venant de différentes directions avec une amplitude de 1 à 2 m.

Le Golfe d’Annaba reçoit des rejets directs de plusieurs industries installées sur la côte (tab. 16) en particulier celle des produits phytosanitaires (Fertial), il reçoit également les eaux usées urbaines (tab. 17) qui ne subissent qu’un traitement sommaire au niveau de la station de Sidi Brahim ; Les autres stations sont destinées à la collecte des eaux usées (Tab. 18). Il existe aussi beaucoup d’autres sources de contaminations qui sont réparties tout au long du littoral (Oued Seybouse, Oued Mefrag, Oued Bedjmâa, émissaires Rezgui Rachid et Rizi Amor).

Le littoral d’El Kala

Le littoral d’El Kala est situé à l’extrême Est de la côte Algérienne ; il s’étend du Cap Rosa à l’Ouest (8°15’ E et 36° 58’ N), au Cap Segleb (la frontière Tunisienne) à l’Est. Le plateau continental est relativement étroit à l’Est et s’élargit à l’Ouest ; les isobathes -20 m et -100m sont en effet situés à 7 Km à l’Est et atteignent 30 Km à l’Ouest (Fig.2). Le littoral généralement intégré au détroit de Sardaigne duquel il est très proche, est le siège d’intenses transports de l’Eau Atlantique Modifiée, coulant en surface vers l’Est et de l’Eau Levantine Intermédiaire qui coule en profondeur vers l’Ouest (Manzella et la Violette, 1990 ; Perkins et Pistek, 1990).

Il reçoit très peu d’extrusions continentales en raison des faibles apports d’eau douce (rivière); toutefois, le lac El Mallah évacue dans le littoral 180 millions de m3 d’eau saumâtre d’une salinité comprise entre 3 et 25 %0 ; de ce fait, ce plan d’eau qui effectue des échanges hydrodynamiques avec le littoral au rythme des marées, a tendance à fertiliser ce milieu en sels nutritifs tout en diminuant la salinité de la bande côtière (Retima, 1999). Selon Ghaidalia et Bourgeois, (1961), la Méditerranée est une mer chaude où les écarts de températures entre les couches superficielles et les couches profondes sont relativement accentués (jusqu’à moins de 400m à 500m); à cette profondeur la température se stabilise autour de 13°C- 14°C. Par ailleurs, Ounissi et al, (1996), rapportent que l’écart de température entre l’eau de surface et celle se trouvant à 50m de profondeur, dépasse 4°C ; quant à la salinité, la différence entre l’eau de surface et cette profondeur, elle n’excède pas 1 g/l.

Mesure des paramètres physico-chimiques de l’eau

Une mesure mensuelle, des paramètres physico-chimiques de l’eau a été effectuée de janvier à décembre 2008. La mesure de la température, du pH, de la salinité et de l’oxygène dissous, leur mesure a été réalisée in situ, à l’aide d’un multi paramètres de terrain (Consort C535) ; ce dernier doit être préalablement étalonné puis calibré ; La sonde est ensuite immergée dans l’échantillon d’eau pendant quelques secondes, le résultat obtenu, s’affiche à l’écran avec l’unité de mesure correspondante. Quant à la détermination des matières en suspension (MES) de l’eau, on a utilisé la méthode par filtration sur disque filtrant. Elle repose sur la séparation des matières particulaires en suspension grâce au filtre wattman GF/C de 0,45 p.m pour des volumes définis ; Dans le cadre de cette étude, nous avons utilisé 100 ml d’eau de mer. Préalablement pesés, puis séchés à 105°C pendant une heure, les filtres sont pesés une deuxième fois, ce qui nous permet d’estimer par la suite la part des matières en suspension, et ceci en faisant la différence du poids des filtres avant et après filtration.

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Table des matières

Introduction
Matériel et méthodes
1. Présentation de la zone d’étude
1.2. Le Golfe d’Annaba
1.3. Le littoral d’El Kala
1.4. Les sites d’échantillonnages
2. Mesure des paramètres physico-chimiques de l’eau
3. Analyse bactériologique des échantillons
3.1. Prélèvement de l’eau
3.2. Récolte des bivalves et préparation des échantillons
3.3. Analyse bactériologique de l’eau
3.3.1. Préparation des dilutions décimales
3.3.2. Recherche et dénombrement des Coliformes totaux et recherche d’Escherichia coli
3.3.4. Recherche et dénombrement des Streptocoques (Entérocoques) et identification des Streptocoques de groupe sérologique D de Lancefield
3.4. Analyse bactériologique des bivalves
3.4.1. Préparation des dilutionsdécimales
3.4.2. Recherche et dénombrement des Coliformes totauxet recherche d’Escherichia coli
3.4.3. Recherche et dénombrement des Streptocoques (Entérocoques) et identification des Streptocoques du groupe sérologique D de Lancefield
3.5. Recherche des germes pathogènes chez les bivalves
3.5.1. Recherche et dénombrement des germes anaérobies sulfito- réducteurs
3.5.2. Recherche des Salmonelles
3.5.3. Recherche des Staphylocoques pathogènes
3.5.4. Recherche de Pseudomonas
3.5.6. Recherche des caractères biochimiques pour confirmation des résultats présomptifs obtenus
4. Analyse statistique des données
4.1. Modèle linéaire généralisé (GLM)
4.2. Test de l’analyse des moyennes
4.3.Analyse des composantes principales ACP)
Résultats
1. Les paramètres physico-chimiques de l’eau
1.1. La Température
1.2. La salinité
1.3. Le pH
1.4. L’oxygène dissous
1.5. Les matières en suspension
2. Distribution des germes dans l’eau de mer
2.1.Les Coliformes totaux
2.2. Les Coliformes thermotolérants (Escherichia coli)
2.3. Les Streptocoques totaux
2.4. Les Streptocoques fécaux
3. Distribution des germes chez les moules
3.1. Les Coliformes totaux
3.2. Les Coliformes thermotolérants (Escherichia coli)
3.3. Les Streptocoques totaux
3.4. Les Streptocoques fécaux
4. Détermination de la source probable de la contamination
4.1. Origine de la contamination de l’eau
5. Distribution des germes pathogènes chez les moules
6. Résultats de l’analyse statistique
6.1.Modèle linéaire généralisé (GLM)
6.1.1.Eaux
6.1.2.Moules
6.2.Test de l’analyse des moyennes
6.2.1. Eaux
6.2.1.Bivalves
6.3. Analyse des composantes principales (ACP)
6.3.1.Eaux
6.3.2.Moules
Conclusion

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