Ampleur des résistances aux ARV en Afrique et dans le monde

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Répartition en Afrique subsaharienne

L’épidémie du VIH présente de grandes variations selon les zones géographiques. Les pays d’Afrique Australe et d’Afrique de l’Est constituent l’épicentre de la pandémie dans le monde. D’après les évaluations de 2018 de l’ONUSIDA/OMS, l’Afrique subsaharienne reste la zone la plus affectée dans le monde avec 25.7millions de PvVIH soit 70.9% de la charge mondiale du VIH. On estimait à 36.9 millions le nombre de personnes infectées et 1.005 millions de personnes mortes de causes liées au SIDA au cours de cette même année. Bien que le nombre des nouvelles infections a été réduit, le nombre total de personnes vivants avec le virus continue d’augmenter [69].
Dans cette région, il y a une féminisation de l’infection à VIH, les jeunes femmes de 15 à 24 ans sont jusqu’à huit fois plus susceptibles d’être infectées par le VIH que les hommes. Les rapports sexuels non protégés avec des partenaires multiples y demeurent le facteur de transmission du VIH le plus important.
L’utilisation de drogues injectables apparaît comme un facteur de plus en plus considérable dans la transmission du VIH en Afrique subsaharienne
Cependant Une baisse d’incidence de plus 50% a été notée dans certains pays tels que le Burkina Faso, le Ghana, la Zambie et le Zimbabwe. Malgré ces progrès, 70% des nouvelles infections en 2014 ont été enregistrées en Afrique subsaharienne, soulignant ainsi la nécessité de renforcer les efforts de prévention du VIH dans la région. Le nombre de décès liés au SIDA a diminué de 34 % de 2000 (1,2 millions) à 2014 (790 000) [67].

Situation au Sénégal

Au Sénégal, les premiers cas de sida ont été confirmés en 1986. La prévalence dans la population générale est restée basse et stable grâce à des efforts soutenus combinés de prévention, de traitement et de soutien.
L’analyse de la situation épidémiologique et la triangulation des différentes données, montre que le profil de l’épidémie de VIH au Sénégal est de type concentré, avec une prévalence basse dans la population générale (0,7% : EDS 4, 2005 et EDS-MICS, 2010-2011, et de 0,5% en 2012 selon les données de l’ONUSIDA) et élevée dans les populations clés les plus exposées au risque du VIH. La prévalence VIH est de 6,6% au niveau des Professionnelles du sexe(PS)
[60] en 2015 contre 18,5% en 2010 [20], chez les Hommes ayant des relations sexuelles avec les Hommes (HSH) ce taux est de 18,5% en 2013 [20] contre 21,8% en 2007 [78]. Elle est de 9,4% chez les consommateurs de drogues intraveineuses (CDI) [50].
Selon les dernières estimations, 46 000 personnes vivaient avec le VIH au Sénégal en 2015, dont 4800 enfants de 0 à 14 ans. Il y a une féminisation de l’épidémie, les femmes infectées représentent 56% des adultes. Les décès liés au sida sont estimés à 2200 cas. Cependant, on observe une baisse régulière du nombre des nouvelles infections depuis l’année 2001, estimée à environ 70%. Cela marque une tendance à la baisse de l’infection à VIH au Sénégal, liée à la précocité et à la régularité des programmes de prévention et d’accès aux soins.
Malgré tout, il faut noter d’importantes disparités dans la distribution de l’épidémie selon les régions. En effet, il ressort de l’EDS-MICS, 2010-2011 que les régions les plus touchées sont les régions du Sud et du Sud Est : Kolda (2,4%), Kédougou (1,7%), Tambacounda (1,4%), Sédhiou (1,1%), Kaolack (1,1%), Ziguinchor (1%)[50].
L’épidémiologie du VIH a évolué cependant très rapidement comme le montrent les données plus récentes de l’EDS-continue 2017 et des autres enquêtes réalisées au sein des groupes vulnérables ces dernières années

Physiopathologie

Classification du rétrovirus

Les virus de l’immunodéficience humaine (VIH) appartiennent à la famille des rétrovirus, et à la sous famille des lentivirus. Ils sont définis essentiellement par leur mode de réplication. Deux types de virus ont été identifiés à ce jour : le VIH-1 répandu, sur l’ensemble des continents, et le VIH-2 présent surtout en Afrique de l’Ouest.

Structure

Les rétrovirus se présentent sous forme de particules sphériques d’un diamètre de 80 à 100 nm. Ces particules sont constituées d’une enveloppe externe d’origine extracellulaire dans laquelle sont insérées des glycoprotéines d’enveloppe du virus. Cette enveloppe, tapissée à l’intérieur de la particule virale par une matrice, entoure la capside virale centrale ou excentrée, qui contient le génome viral, la nucléocapside et les enzymes nécessaires à la réplication du virus. Les particules virales sont libérées de la cellule dans laquelle elles se répliquent par un processus de bourgeonnement. Le génome de ces virus, constitué de deux copies d’ARN simples brins de polarité positive, de haut poids moléculaire est en effet transcrit en ADN bicaténaire grâce à une enzyme contenue dans le virion et caractéristique de cette famille : la transcriptase inverse.

Interaction VIH-cellule

Les lymphocytes T CD4+, auxiliaires spécifiques du VIH, sont capables de produire IL2 et IFN gamma en réponse au VIH. Leur rôle est déterminant dans la primo-infection traitée précocement par les ARV, mais aussi chez les sujets asymptomatiques à long terme. Cette réponse spécifique anti – VIH est responsable de la progression extrêmement lente de l’infection. Leurs cibles principales sont les protéines de capside, p24, p17 et gp120.
Les lymphocytes T cytotoxiques au VIH représentent l’un des principaux mécanismes effecteurs impliqués dans la lutte antivirale. Ces cellules CD8+ sont retrouvées dans le sang périphérique et au niveau des organes infectés. Elles reconnaissent de multiples déterminants antigéniques appelés « épitopes » dans les protéines du VIH. Il s’agit essentiellement des protéines structurales de l’enveloppe et de la capside, la transcriptase inverse et des protéines de régulation. En effet, lymphocytes CD8+ interviennent dans le contrôle négatif de la réplication par la production de molécules dites « suppressives ». La diminution de la charge virale associée à la latence clinique observée au cours de l’infection à VIH correspond de manière temporaire au développement d’une réponse lymphocytaire T cytotoxique spécifique.

Cycles de réplication du VIH

Sa connaissance est essentielle à la compréhension de la physiopathologie de l’infection à VIH et, surtout, chacune de ces étapes constituent une cible potentielle pour une thérapeutique antirétrovirale [6]. La figure 5 illustre les différentes étapes du cycle de réplication du VIH dans la cellule hôte que sont :
– L’absorption et à la pénétration du virus dans la cellule ;
– La seconde étape comporte plusieurs phases :
– La synthèse d’ADN bicaténaire
– L’import nucléaire et l’intégration de l’ADN:
– la transcription du provirus
– la synthèse des protéines virales à partir des ARN messagers viraux
– L’assemblage de poly protéinés virales et de l’encapsidation de l’ARN viral.

Tropismes et récepteurs du VIH

Le VIH infecte les lymphocytes T CD4 et les cellules présentatrices d’antigène, cellules clés du système immunitaire, induisant un déficit profond de l’immunité cellulaire. Plusieurs mécanismes sont à l’origine de ce déficit :
– Le tropisme spécifique du VIH pour les cellules immunocompétentes ;
– Les relations entre réplication viral et déficit immunitaire, et la correction de ce déficit sous traitement antirétroviral ;
– Les réponses immunitaires spécifiques et innées mises en jeu pour limiter la progression de cette infection ;
– L’hyperactivation immune d’apparition précoce et persistant tout au long de l’infection.
La sélectivité du tropisme du VIH et la sévérité du déficit immunitaire induit par l’infection sont liées à l’interaction spécifique entre la glycoprotéine d’enveloppe du VIH, la gp 120, et la molécule CD4, récepteur de haute affinité. La molécule CD4 est une protéine membranaire exprimée en forte quantité à la surface des lymphocytes axillaires. Ceux-ci sont responsables de l’initiation de la réponse T axillaire et de l’amplification des diverses fonctions du système immunitaire : la molécule CD4 est également exprimée, bien qu’à un moindre degré, sur les cellules présentatrices d’antigènes : monocytes et macrophages, cellules dendritiques et de Langerhans, et sur la microglie dans le cerveau. Les cellules folliculaires dendritiques fixent le VIH à leur surface mais ne sont pas infectables. L’interaction CD4/gp120 se situe ainsi au cœur des réactions immunitaires et toute cellule humaine équipée de la molécule CD4 est capable de fixer le VIH, même si elle n’est pas toujours suffisante pour permettre l’infection. Le VIH, par son tropisme pour le CD4, infecte ainsi les cellules centrales système immunitaire et peut infiltrer la totalité des tissus immuns [48]

Mode de transmission

Le VIH est présent dans de nombreux fluides organiques. On en a retrouvé dans la salive, les larmes et l’urine, mais en des concentrations insuffisantes pour que des cas de transmissions soient enregistrés. La transmission par ces fluides est ainsi considérée comme négligeable. Par contre, des quantités assez importantes de VIH pour une infection ont été détectées dans le sang, le lait maternel, la cyprine, le sperme, ainsi que le liquide précédant l’éjaculation. Par voie de conséquence, les trois modes de contaminations sont :
– les rapports sexuels non protégés, qu’ils soient hétérosexuels ou homosexuels représentent la part la plus importante de contamination de 90%.
– le contact avec du matériel contaminé est de 4% et concerne les toxicomanes par injections, les transfusés, le personnel de santé
– la transmission mère-enfant durant la grossesse, pendant l’accouchement et lors de l’allaitement. C’est durant l’accouchement que les risques d’infections sont les plus élevés (65%) [89].

Transmission par voie sexuelle

C’est la voie de contamination la plus répandue à l’échelle mondiale [84]. Elle concerne la grande majorité des infections à VIH et se fait lors de rapports sexuels non protégés qu’ils soient homosexuels, hétérosexuels voire bucco-génitaux. Certains facteurs locaux augmentent le risque : rapport anal, lésion génitale, saignement, coexistence d’une infection sexuellement transmissible avec ulcérations favorisant le passage du virus. Un seul contact peut suffire pour être contaminé [12]. Le risque de contamination par acte sexuel serait plus important dans le sens homme-femme que dans les sens inverse, respectivement estimé à 23,4% et 12,1% [34]. Chez les enfants de moins de 15 ans, la transmission par voie sexuelle reste infime. Elle découle de violences sexuelles, mais également de la précocité des rapports sexuels. En effet, les chiffres de l’enquête démographique de 2005 au Sénégal montrent que 13% des femmes et 5,4% des hommes ont eu des rapports sexuels avant l’âge de 15 ans [63].

Transmission par voie sanguine

La transmission par voie sanguine passe principalement par trois modes :
 Les contaminations professionnelles en milieu de soins ou en laboratoire, surviennent par inoculation accidentelle de sang contaminé par le VIH, suite à une erreur de manipulation d’un instrument ou lors de la manipulation d’un produit contaminé.
 Les contaminations par voie intraveineuse chez les toxicomanes. Elle reste le principal mode de transmission en Europe de l’Est, dans les Caraïbes et en Amérique latine [84]. Il en est de même en Espagne [22].
 Les contaminations de produits sanguins contaminés, devenues exceptionnelles du fait dépistage systématique lors de tout don de sang.

Transmission mère-enfant (TME)

La TME a lieu surtout dans la période périnatale c’est-à-dire au dernier trimestre de la grossesse (5%), au moment de l’accouchement (15%) et de l’allaitement (15%) [12]. Le niveau de la charge virale plasmatique de la mère est un déterminant majeur du risque de transmission à l’enfant. Les accouchements traumatiques majorent le risque de transmission à l’enfant [12].
En l’absence de traitement ARV, le taux de transmission mère-enfant est de 20 à 25% pour le VIH-1 et 1 à 4% pour le VIH-2. Sous traitement ARV, ce taux peut être réduit pour atteindre des taux de 0,8 à 1,8%. Le diagnostic prénatal de l’infection à VIH n’est pas encore réalisable [51].

Facteurs non transmissibles

La connaissance des situations sans risque de transmission du VIH est importante pour éviter les peurs de contaminations non fondées et la discrimination des PvVIH. Le VIH n’est pas transmissible [9]:
 par voie respiratoire ;
 par simple contact social, que ce soit à la maison, dans des soirées dansantes, au travail, à l’école ou même en prison ;
 par l’alimentation ou par l’eau ;
 par les insectes, comme les moustiques.
 à embrasser ou serrer la main d’une personne infectée ;
 à utiliser des objets ayant été en contact avec une personne infectée telle que les couverts, les verres, les vêtements, le téléphone…; de se contaminer aux toilettes ou dans les piscines.

Éléments d’histoire naturelle

Le terme d’histoire naturelle désigne l’ordre habituel et prévisible dans lequel se déroulent les manifestations cliniques et biologiques de l’infection à VIH en l’absence de traitement antirétroviral. Dorénavant, cette histoire est bien connue grâce aux nombreuses études de cohortes mises en place dès les premières années de l’épidémie. Depuis cette époque, l’évolution a radicalement changé du fait de l’introduction de multi thérapies antirétrovirales efficaces transformant le cours de l’infection.
L’histoire naturelle de l’infection à VIH peut être divisée en trois phases :
– La phase aigüe ou primo-infection qui dure quelques semaines,
– La phase chronique qui dure plusieurs années, caractérise une latence virologique
– La phase finale, symptomatique, qui dure quelques mois à peu d’années.
Durant ces trois phases, il n’y a jamais de latence virale, et le VIH se réplique activement : à un niveau élevé durant la phase aigüe, à un niveau plus faible mais continu, principalement dans les organes lymphoïdes, durant la phase chronique, suivie d’une recrudescence de la réplication durant la phase finale. Lors de la primo-infection, la virémie massive, comparable à celle des stades ultimes de la maladie, entraine une large dissémination du VIH dans les organes lymphoïdes et le tissu nerveux central. A ce stade, le niveau de la charge virale expose à un risque majeur de contamination en cas de contage avec des sujets qui ignorent souvent leur primo-infection. Au décours de la phase aigüe, la réponse immune vis-à-vis du virus permet de contrôler partiellement et pour une durée variable la réplication.
Plusieurs modèles mathématiques développés à partir des données de cohortes ont permis d’estimer que le délai moyen entre la séroconversion et le développement du sida était de 7 à 11ans.

Classification de l’infection à VIH

Deux classifications internationales permettent de situer plus ou moins précisément le stade évolutif auquel se trouve une personne ou un groupe de personnes vivant avec le VIH

Prise en charge psychosociale

La prise en charge psycho-sociale d’un sujet infecté par le VIH débute par le counseling pré-test et se poursuit toute sa vie. Cette prise en charge psycho-sociale s’établit :
 lors de l’entretien individuel d’information réalisé avant le dépistage, encore appelé counseling pré-test, qui consiste à obtenir un consentement libre et éclairé du patient, des parents ou du responsable légal chez le mineur comme le prescrit la loi sur le VIH/Sida [30] ;
 lors du counseling post-test et pendant tout le long du suivi. Cette étape consiste à aider le patient et son entourage à vivre positivement la séropositivité, et à adopter un comportement responsable.
Chaque personne infectée est un cas spécifique. Les PvVIH ont besoin d’être soutenues pour faire face aux multiples défis de la maladie qui, à l’état actuel des connaissances ne se guérit pas et engendre encore des discriminations sociales [30].
Dans le cas particulier de l’enfant, la délivrance de l’information reste délicate. Les pédiatres utilisent l’information dite partielle en réalisant un compromis entre la nécessité de donner des repères aux mineurs tout en ménageant les réticences des parents à nommer formellement la maladie [8].
Ainsi, le soignant et l’assistant social sont au centre de ce soutien psycho-social, qui constitue un pilier important de la prise en charge des PVVIH. De plus en plus on insiste sur l’éducation thérapeutique des PvVIH. Les séances d’éducation thérapeutique font partie des outils d’aide à l’observance. Elles sont effectuées par les assistants sociaux ou par les pairs et ont pour objectif, d’aider le patient à mieux adhérer à son traitement et comprendre les enjeux d’une bonne observance au traitement.

Prise en charge nutritionnelle

La relation entre le VIH/SIDA et la malnutrition présente un exemple classique du « cycle vicieux »bien reconnu de dysfonctionnement immunitaire, maladies infectieuses et malnutrition.
La malnutrition est considérée comme un cofacteur de progression rapide de l’infection vers le stade de sida d’où l’importance de la prise charge nutritionnelle
La prise en charge nutritionnelle se fait à plusieurs étapes :
 Evaluation de l’état nutritionnel
 conseils de régime d’ordre général à savoir :
• s’alimenter régulièrement
• savoir fractionner les repas
• varier l’alimentation en mangeant chaque jour des aliments énergétiques, riches en protéines et surtout des fruits et légumes
• éviter l’alcool, le tabac et les excitants
• faire du sport
• consommer de l’eau potable

prise en charge vaccinale 

La vaccination présente une place importante dans la prise en charge des PVVIH.
Ces derniers présentent une sensibilité à certaines infections. Ainsi, les patients asymptomatiques doivent bénéficier de tous les vaccins selon le programme élargi de vaccination(PEV). Cependant, les vaccins vivants à germes atténués sont en principe contre indiqués à cause du risque plus élevé de complications et en particulier en cas de déficit immunitaire sévère ; à savoir le bacille de Calmette et Guérin (BCG) contre la tuberculose, le vaccin antiamaril contre la fièvre jaune et le vaccin polio oral contre la poliomyélite.
Le vaccin anti pneumococcique est recommandé chez tout séropositif.

Prise en charge médicale

La prise en charge d’une personne vivant avec le VIH comporte :
 Une évaluation clinique et para clinique initiale, qui constitue une étape importante de la prise en charge, permettant ainsi de faire la classification clinique et immunologique de la PVVIH, de déterminer l’éligibilité au traitement ARV et de faire un choix adéquat de la prescription initiale ;
 Un suivi bioclinique périodique tout au long de la vie du patient ;
 Prise en charge des IO.
 Prise en charge clinique  Interrogatoire
Il s’agit d’un entretient précisant :
 Le contexte de vie : historique de la contamination, vie sexuelle, statut virologique du partenaire, activité professionnelle, conditions des ressources et de logement, couverture sociale ;
 Les conduites à risque (pratiques sexuelles à risque, usage de drogues en intraveineuse) ;
 Les conduites additives : consommation excessive d’alcool, consommation de tabac ou de substances psycho-actives ;
 Les infections opportunistes (zona, tuberculose, candidose, amaigrissement, etc.)
 L’existence d’antécédents médicaux et chirurgicaux ;
 La présence d’infections sexuellement transmissibles IST, d’hépatites virales ; Le statut vaccinal ;
 Les symptômes, notamment respiratoires, digestifs, psychiatriques.
 Examen clinique
Il doit être complet et comporte en particulier :
– l’enregistrement du poids, température, fréquence cardiaque, respiratoire des tours de taille et de hanche, des valeurs de tension artérielle ;
– la recherche d’adénopathies, d’une hépatomégalie, d’une splénomégalie ;
– l’examen de la peau et de la cavité buccale à la recherche de lésion de maladie de kaposi, d’une candidose buccale, d’une leucoplasie chevelue de la langue ;
– l’examen neurologique, pleuro-pulmonaire, des organes génitaux et de l’anus (condylomes, ulcération,…)
 Examens paracliniques
 Examens immunobiologiques
 Sérologie VIH de confirmation (western blot) précisant le type VIH-1 ou VIH-2.
 Typage lymphocytaire LT CD4+/CD8 ;
 ARN VIH-1 plasmatique (charge virale VIH) ou VIH-2 ;
 Génotypage VIH (test génotypique de résistance aux antirétroviraux, sous type viral).
 Examens biologiques de base
 Hémogramme y compris plaquettes ; vitesse de sédimentation, groupage sanguin rhésus
 Transaminases (ASAT, ALAT), gamma –GT, phosphatases alcalines, bilirubine ;
 Créatinémie ; TP, TCA, glycémie à jeun ;
 Exploration d’une anomalie lipidique ; lipase ; Bandelette urinaire (protéinurie, glucosurie) ;
 Recherche de comorbidités
 Marqueurs de l’hépatite B (Ag HBs, AC Anti-HBs et Anti HBc) ;
 Si sérologie VHB positive et Ag HBs positif), quantification de l’ADN VHB plasmatique et sérologique du virus Delta ;
 Sérologie l’hépatite C (anticorps anti-VHC), de l’hépatite A.
 Si sérologie VHC positive, quantification de l’ARN VHC plasmatique et Génotypage du VHC ;
 Sérologies de la syphilis, de la toxoplasmose et du CMV ;
 Frottis cervico-vaginal (FCV) pour le dépistage des dysplasies chez les femmes.
 Autres examens
 Radiographie des poumons ;
 ECG si facteurs de risque cardio vasculaire ;
 Fond d’œil si patient très immunodéprimé (LT CD4+<100/mm3).
 Le dépistage des lésions précancéreuses de l’anus.

Prise en charge des infections opportunistes 

Les infections opportunistes (IO) surviennent lors d’une prise en charge tardive de l’infection à VIH, ou chez des patients déjà suivis, lors d’une rupture de d’observance ou en cas d’échecs des prises en charge thérapeutique antirétrovirale /préventive des IO.
Les infections opportunistes déterminent de manière essentielle la morbidité et la mortalité des personnes souffrant d’une infection HIV, ce qui rend indispensable la connaissance de la prévention et du traitement des IO, dans la prise en charge de PVVIH.

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
1. GÉNÉRALITÉS SUR L’INFECTION À VIH
1.1. Définition et historique
1.1.1. Définition
1.1.2. Historique
1.2. Epidémiologie de l’infection à VIH
1.2.1. Répartition dans le monde
1.2.2. Répartition en Afrique subsaharienne
1.2.3. Situation au Sénégal
1.3. Physiopathologie
1.3.1. Classification du rétrovirus
1.3.2. Structure
1.3.3. Interaction VIH-cellule
1.3.3.1. Cycles de réplication du VIH
1.3.3.2. Tropismes et récepteurs du VIH
1.4. Mode de transmission
1.4.1. Transmission par voie sexuelle
1.4.2. Transmission par voie sanguine
1.4.3. Transmission mère-enfant (TME)
1.4.4. Facteurs non transmissibles
1.5. Éléments d’histoire naturelle
1.6. Classification de l’infection à VIH
1.6.1. Classification CDC
1.6.2. Classification de l’OMS
1.7. Diagnostic de l’infection à VIH
1.7.1. Diagnostic indirect
1.8. Prise en charge
1.8.1. But
1.8.2. prise en charge psychosociale
1.8.3. prise en charge nutritionnelle
1.8.4. prise en charge vaccinale
1.8.5. prise en charge médicale
1.8.6. Prise en charge des infections opportunistes
1.8.7. Prise en charge par les antirétroviraux
1.8.8. Indication
1.9. Prévention
1.9.1. Mesures générales
1.9.2. Prévention de la transmission mère enfant
1.9.3. prise en charge des accidents exposant au sang et ses dérivées
1.9.4. Prise en charge des accidents par voie sexuelle
2. ACCES AUX ARV AU SENEGAL [11] [18].
3.PROBLEMATIQUE DES ECHECS THERAPEUTIQUES ET DE LA RESISTANCE AUX ARV
3.1. Définitions
3.2. Facteurs associés à l’échec thérapeutique
3.3. Ampleur des résistances aux ARV en Afrique et dans le monde
DEUXIÈME PARTIE
1. CADRE D’ETUDE
1.1. Situation de la région
1.2. Lieux d’étude
1.2.1. Hôpital de la paix de Ziguinchor
1.2.2. District sanitaire d’Oussouye
1.2.3. Centre de sante Bignona
1.2.4. Centre de santé de Ziguinchor
2. METHODOLOGIE
2.1. Type et période d’étude
2.2. Population d’étude
2.3. Critères d’inclusion
2.4 Critères de non inclusion
2.5. Définition opérationnelle des variables
2.6. Recueil de données
2.7. Saisie et exploration des données
2.8. Aspects éthiques
3. RESULTATS
3.1. Études descriptive
3.2. Etude analytique
3.2.1. Analyse bi-variée
3.2.2. Analyse multivariée: facteurs associés à l’échec virologique
4. DISCUSSION
4.1. Caractéristiques de la population d’étude
4.1.1. Au plan épidémiologique
4.1.2. Au plan thérapeutique
4.2. Echec thérapeutique
4.2.1. Caractéristiques de l’échec thérapeutique
4.2.2. Facteurs associés à l’échec thérapeutique
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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