Amélioration de la base de données de gestion d’échantillons de l’Unité de Recherche de Zoologie Forestière d’Orléans

La formation de DUT INFORMATIQUE (année spéciale) que j’ai suivie à Orléans se conclut par un stage d’une durée de 10 semaines en entreprise.
Cette partie de la formation a pour but de :
• se familiariser avec le monde professionnel,
• mettre en application les connaissances théoriques acquises pendant la période de formation,
• compléter les connaissances acquises,
• acquérir une première expérience en informatique.

C’est dans ce cadre que j’ai effectué mon stage au sein de l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), et plus précisément dans l’Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF) d’Orléans du 23 juin au 29 août 2014. J’ai été accueilli et encadré par Mme Béatrice COURTIAL, Ingénieure d’études en Biologie et M r Régis PHELUT PRI de l’unité.

Les travaux de recherches réalisés à l’URZF portent sur des échantillons de natures diverses (insectes, feuilles, baies …) et toutes les informations liées à ces échantillons doivent être conservées (localisation du prélèvement, date, identification…) dans une base de données pour pouvoir ré-exploiter les informations ultérieurement. Cette base de données doit donc toujours rester propre et fonctionnelle.

L’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) a pour mission de produire et diffuser des connaissances scientifiques et des innovations dans les domaines de l’alimentation, de l’agriculture et de l’environnement. L’INRA a été fondé en 1946 dans le contexte de la reconstruction nationale d’après-guerre et du projet de modernisation de l’agriculture française. Depuis 1984, l’institut a un statut d’Établissement Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST) et il est placé sous la tutelle conjointe du ministère chargé de l’Agriculture et des ministères chargés de l’Education Nationale, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche. Par sa production scientifique, l’INRA est en troisième position mondiale en recherche agronomique.

Les principales missions confiées à l’INRA sont de :
➤ Produire et diffuser les connaissances scientifiques
➤ Concevoir des innovations et des savoir-faire pour la société
➤ Eclairer, par son expertise, les décisions des acteurs publics et privés
➤ Développer la culture scientifique et technique et participer au débat science/société
➤ Former à la recherche et par la recherche .

L’INRA exerce une politique de partenariat et de collaboration avec la communauté scientifique nationale (organismes de recherche et enseignement chercheur) et internationale, le monde agricole, les entreprises et les collectivités territoriales.

L’INRA compte au total :
➤ Près de 9000 agents au 31 décembre 2012 dont 1921 chercheurs, 2804 ingénieurs, 4249 techniciens et administratifs,
➤ 13 départements de recherche,
➤ 17 centres de recherche régionaux et un siège à Paris.

Le budget qui est alloué à l’institut en 2013 se monte à 881 millions d’euros.

En 1964, la première mission de prospection pour l’implantation des recherches forestières en terres orléanaises a lieu. En 1976, les bâtiments de l’amélioration des arbres forestiers sont terminés.
En 1977, le centre est inauguré.
En 1980, le domaine expérimental de Bourges est rattaché au centre d’Orléans.
En 1983, la Station ‘Sciences du Sol’ est inaugurée.
En 1986, les locaux de Zoologie Forestière sont inaugurés.
En 1999, le bâtiment de Zoologie Forestière brûle dans un incendie.
En 2001, l’agrandissement du bâtiment de l’unité ‘Sciences du Sol’ et du simulateur de pluie est inauguré.
En 2004, le nouveau bâtiment de Zoologie Forestière est inauguré.

A partir du 1er janvier 2013, les Centres d’Orléans et de Tours ont fusionné pour donner le Centre de Recherche INRA Val de Loire.

Situé sur les communes d’Ardon et de Saint-Cyr-en-Val, le site de Recherche d’Orléans s’étend sur 63 ha, et compte près de 8500 m² de bureaux et laboratoires. Il est composé de 6 unités et est présidé par Mme Catherine Beaumont . Les recherches développées sur le site concernent 3 domaines :
➤ la forêt,
➤ les insectes,
➤ les sols avec une orientation marquée en matière d’environnement.

Les 6 unités présentes sur le site sont :
• 3 unités de recherche :
– Unité de Recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF) : valorisation des ressources génétiques forestières en vue d’une production durable de bois d’œuvre et de biomasse, tout en prenant en compte l’impact écologique des populations domestiquées sur l’écosystème et un contexte climatique changeant.
– Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF) : caractérisation aux plans génétique, physiologique et comportemental des populations d’insectes forestiers envahissants ou en expansion sous l’effet du changement global, analyse les mécanismes gouvernant la réussite des invasions biologiques d’insectes, mesure des risques écologiques et économiques et déduction des mesures de gestion.
– Unité de Recherche Science du Sol : étude des interactions entre les propriétés physiques des sols et leurs fonctionnements hydriques et biogéochimiques.

•1 unité de service :
– Unité de Service InfoSol : constitution et gestion d’un système d’information à vocation nationale sur les sols, par rapport à leur distribution spatiale, leurs propriétés et l’évolution de leurs qualités.

• 1 unité expérimentale :
– Unité Expérimentale Génétique et Biomasse Forestière d’Orléans (GBFOr) : description et conservation de la diversité génétique des espèces forestières.

• 1 unité d’appui à la recherche :
– Services Déconcentrés d’Appui à la Recherche (SDAR) : gestion collective et organisation des fonctions transversales de support et de soutien, dans une relation de partenariat avec l’ensemble des autres unités.

Les 2 départements de recherche représentés sur le site d’Orléans sont :
• Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA)
• Environnement et Agronomie (EA) .

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Table des matières

INTRODUCTION
1. PRESENTATION DE LA STRUCTURE D’ACCUEIL
1.1 L’Institut National de la Recherche Agronomique
1.2 Le site d’Orléans
1.2.1 Historique du site d’Orléans
1.2.2 Organisation du site
2 SUJET DE STAGE ET OBJECTIFS
2.1 Sujet de stage
2.2 Objectifs du stage
3. DEROULEMENT DU STAGE ET TECHNOLOGIES UTILISEES
3.1 Les activités dans l’unité et la base
3.2 L’existant
3.2.1 La base « SAMPLES »
3.2.2 L’interface graphique
3.2.3 Traitement d’un échantillon au niveau de la base de données
3.3 Les technologies utilisées
3.4 Le travail réalisé
3.4.1 Travail réalisé au niveau de la base
3.4.2 Travail réalisé au niveau de l’interface
CONCLUSION 

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