Soutenance mémoire
Les infections à staphylocoques sont ubiquitaires et représentent un pourcentage important des infections graves. Considérés depuis des années comme des germes commensaux de la peau et des muqueuses, les staphylocoques coagulase négative sont actuellement reconnus comme des agents majeurs d’infections nosocomiales. La pathogénicité des staphylocoques pose peu de problèmes en ce qui concerne Staphylococcus aureus mais elle est plus discutée pour les staphylocoques coagulase négative. D’indéniables infections nosocomiales causées par ces staphylocoques « non pathogènes » ont suscité des travaux visant à les identifier et à les classer. Les streptocoques non groupables sont des commensaux de la cavité buccale (dont ils représentent 30 à 60 % de la flore bactérienne), de l’intestin, de la peau et des voies génitales. Ces streptocoques jouent un rôle étiologique prédominant dans la formation des caries dentaires et des parodontopathies. En outre, ces streptocoques sont fréquemment rencontrés dans les infections du tractus respiratoire, dans les abcès pulmonaires (Streptococcus milleri), ostéomyélites, arthrites et pleurésie [17, 30, 64].
Malgré ce rôle pathogène devenu évident, la bonne identification de ces genres n’était pas souvent possible en routine dans les laboratoires. En effet, la mise au point et la simplification des schémas d’identification biochimique n’a pas pu résoudre le problème puisque cette méthode présentait l’inconvénient de nécessiter le recours à un grand nombre de réactions biochimiques, à des milieux spécifiques et à des temps d’incubation très longs [1]. Ainsi, le but de notre travail était d’élaborer des algorithmes qui permettent une identification correcte, rapide et précise des staphylocoques à coagulase négative et des streptocoques non groupables. Cela rendra le travail de routine plus rapide, plus fiable et plus accessible financièrement aux populations, même les plus démunies.
LES STAPHYLOCOQUES A COAGULASE NEGATIVE
DEFINITION
Les staphylocoques sont des cocci à Gram positif classiquement disposés en amas, immobiles, non sporulés. Actuellement on distingue 44 espèces. L’espèce Staphylococcus aureus se distingue généralement des autres staphylocoques à coagulase négative par la présence d’une coagulase.
TAXONOMIE
Historique
Les staphylocoques ont été l’objet de nombreuses investigations menées par d’éminents microbiologistes à l’instar de KOCH, PASTEUR, OGSTON et ROSENBACH. En 1878, KOCH souligne le rôle pathogène de bactéries se présentant sous forme de cocci Gram positif. Ces cocci seront ensuite isolés puis identifiés d’un pus par Louis Pasteur en 1880. Ils seront baptisés en 1883 par Ogston sous le nom de staphylocoques, du latin « staphylle » ou grappe et coccus ou « grain ». En 1884, ils sont classés en fonction de la pigmentation des colonies par ROSENBACH en Staphylococcus aureus du latin « orange » et Staphylococcus albus, du latin « blanche ».
Habitat
Le réservoir naturel des staphylocoques est l’homme et les animaux à sang chaud. Cependant, éliminées dans le milieu extérieur, ces bactéries très résistantes sont fréquemment retrouvées dans l’environnement. Le site de colonisation préférentielle de Staphylococcus aureus chez l’homme est la muqueuse nasale.
Les staphylocoques à coagulase négative représentent les principaux commensaux de la peau avec les corynébactéries et les propionibactéries. La densité de colonisation est plus importante au niveau des zones humides (partie antérieure des narines, périnée, creux axillaires et les plis inguinaux). Les staphylocoques à coagulase négative sont en règle générale des bactéries opportunistes essentiellement responsables d’infections nosocomiales.
Classification
Les staphylocoques appartiennent à la famille des Micrococcaceae qui comprend quatre genres : Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus et Planococcus.
■ Le genre Micrococcus
Il comprend des microcoques qui sont également des hôtes normaux de la peau et des muqueuses de l’homme et par conséquent souvent présents dans les prélèvements. Ce sont presque toujours des contaminants qu’il importe de distinguer des staphylocoques.
■ Le genre Staphylocococcus
Il comprend de nombreuses espèces : certaines sont des hôtes de l’homme, d’autres des animaux, d’autres sont rencontrés à la fois chez l’homme et l’animal. Chez l’homme les espèces les plus couramment rencontrées sont :
– Staphylococcus aureus, le plus pathogène ;
– Staphylococcus epidermidis, souvent considéré comme un opportuniste ;
– Satphylococcus saprophyticus responsable d’infections urinaires chez la femme jeune ;
– et à une fréquence moindre Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis et Staphylococcus auricularis.
Staphylococcus aureus exprime des caractères qui le différencient des autres staphylocoques : il possède notamment une coagulase. En pratique bactériologique courante, ce caractère permet de faire la distinction entre Staphylococcus aureus d’une part et les staphylocoques à coagulase négative d’autre part.
■ Le genre Stomatococcus
Il comprend Stomatococcus mucilaginosus qui fait partie de la flore buccale.
■ Le genre Planococcus
Il comprend des bactéries du milieu marin.
CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
Caractères morphologiques
Les staphylocoques se présentent à l’examen microscopique sous l’aspect de coques à Gram positif isolés ou groupés en diplocoques ou en amas. Le mode de groupement dit en « grappe » ou en « amas » est plus caractéristique après culture sur un milieu gelosé. Sur le plan individuel, ce sont des cocci qui mesurent 0,8 à 1 μm de diamètre, immobiles, asporulés, généralement acapsulés ou ayant une faible capacité de synthèse de capsule.
Caractères culturaux
Les staphylocoques se développent en aérobiose ou en anaérobiose sur la plupart des milieux usuels. Certaines souches nécessitent cependant une forte pression en CO2 pour une croissance optimale ainsi que la présence d’autres métabolites tels que l’hémine ou la ménadione. La température optimale de croissance est de +30°C à +45°C avec un maximum à 37°C et le pH varie entre 4,8 à 9,4 avec un optimum à 7,5. En bouillon, les staphylocoques se multiplient en quelques heures formant un trouble homogène.
Sur gélose ordinaire, les colonies sont lisses, rondes, opaques, plus ou moins bombées avec un diamètre variant de 1,5 à 4 mm. La plupart des souches produisent un pigment jaune doré, parfois jaune citrin. En milieu gélosé au sang, on observe fréquemment une zone claire d’hémolyse (β hémolyse) autour des colonies. La plupart des souches de staphylocoques pousse sur un milieu synthétique contenant entre autres du glucose, des sels minéraux, acides aminés dont la cystéine, la vitamine B1 et l’acide nicotinique.
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Table des matières
I)INTRODUCTION
II) GENERALITES
III) METHODOLOGIE
IV) RESULTATS
V) COMMENTAIRES ET DISCUSSION
VI) CONCLUSION
VII) REFERENCES
ANNEXES
RESUME
