Classification des bactรฉries
ย ย ย ย ย ย ย ย ย Il existe diverses micro-organismes parmi ceci se trouve les bactรฉries qui sont les microorganismes unicellulaires et ubiquistes prรฉsents dans tous les milieux. Comment se fait sa classification dans le monde vivant ? En effet la phylogรฉnie du monde vivant (classification ร partir de la comparaison de sรฉquences dโARN ribosomique 16s ou 18s) admet 3 domaines : le Bacteria, lโArchaea et lโEukarya qui est constituรฉ par des cellules eucaryotes qui sont des cellules pourvues de vรฉritable noyau, quand au domaine Bacteria et Archaea, ils contiennent des cellules procaryotes ou des cellules dรฉpourvues de vรฉritable noyau.
Notion de milieux de cultures
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย Dans notre รฉtude qui est un test in-vitro, des cultures bactรฉriennes ont รฉtรฉ procรฉdรฉes, pour rรฉussir ces cultures, il est question de tenir compte des conditions favorables de ces bactรฉries et de les rรฉaliser autant que possible y compris le paramรจtre concernant la nourriture ร la disposition dans le milieu.
Dรฉfinition Un milieu de culture est une solution dโรฉlรฉments nutritifs utilisรฉe en laboratoire pour la croissance des micro-organismes en dโautre mot cโest une prรฉparation au sein de laquelle des micro-organismes peuvent se multiplier.
Classification
๏ท les milieux diffรฉrentiels : dont lesquels un indicateur, gรฉnรฉralement un colorant est ajoutรฉ pour mettre en รฉvidence des rรฉactions chimiques particuliรจrement spรฉcifiques de la croissance dโun micro-organisme par exemple le cas du milieu Uriselect permettant de diffรฉrencier les types de bactรฉries par la coloration, ce milieu est chromogรจne
๏ท les milieux sรฉlectifs : contiennent des composรฉs chimiques ou antibiotiques qui inhibent de faรงon sรฉlective des micro-organismes sans en affecter dโautre, le cas du milieu ANC qui contient les antibiotiques Acide nalidixique et Colistine pour inhiber les bactรฉries bacilles ร gram nรฉgatif
๏ท les milieux non-sรฉlectifs : On regroupe sous cette dรฉnomination tous les milieux ne contenant aucune molรฉcule inhibitrice. Ils sont en gรฉnรฉral de prรฉparation assez simple, ces milieux contiennent une base nutritive constituรฉe de molรฉcules azotรฉes (acides aminรฉs, facteurs de croissance diversesโฆ) tel est le cas du milieu Mueller-Hinton qui est gรฉnรฉralement employรฉ lors des tests dโantibiogramme.
๏ท les milieux non sรฉlectifs mais enrichies : Ils sont obtenus en incorporant ร un milieu de base adรฉquat des liquides ou suspensions riches en molรฉcules organiques diverses : du sang, du sรฉrum, du liquide dโascite, de lโextrait globulaire, des supplรฉments polyvitaminiquesโฆ Les qualitรฉs nutritives peuvent รชtre amรฉliorรฉes par dรฉnaturation thermique des constituants, en particulier pour le sang. Ils permettent la pousse de nombreux germes exigeants ou trรจs exigeants. Les plus utilisรฉes sont les gรฉloses au sang frais ou au sang cuit appelรฉ la gรฉlose chocolat. Nรฉanmoins il existe des assemblages de ces types par exemple, un milieu ร la fois sรฉlectif et diffรฉrentiel et de bien dโautre aussi.
Milieu solide et liquide Les milieux peuvent รชtre sous forme liquide ou solide. On obtient les milieux solides en ajoutant un agent gรฉlifiant. Le gรฉlifiant le plus utilisรฉ est lโagar-agar ou la gรฉlose. Les micro-organismes se dรฉveloppent parfaitement tant en milieux liquides que solides mais lโintรฉrรชt de lโutilisation de ce dernier rรฉside sur le fait que cela immobilise les bactรฉries pour former un amas de cellule appelรฉ ยซ colonie ยป dont lโaspect est variable pour les bactรฉries qui permet son identification ร lโลil nu
Lโobservation aprรจs la coloration de Gram
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย La Coloration de Gram est une double coloration dont on utilise les deux colorants : le violet de Gentiane qui leur donne la couleur mauve, et la fuchsine de Ziehl la couleur rose. Le principe dโutilisation en est le fait que cโest une coloration diffรฉrentielle, cette technique dโidentification est basรฉe sur lโaffinitรฉ tinctoriale des bactรฉries vis-ร -vis de la premiรจre coloration : celle avec le violet de Gentiane ainsi la bactรฉrie qui ne peut fixer le violet de Gentiane sera dรฉcolorรฉe par lโajout dโun alcool et recolorรฉ par la fuchsine de Ziehl, la deuxiรจme coloration qui vient aprรจs. En effet il y en a qui ne peut fixer le violet de Gentiane, il est dรฎt bactรฉrie ร Gram nรฉgatif, par contre ce qui le peut est dรฎt bactรฉrie ร Gram positif. La diffรฉrence de ces caractรจres est due ร leur structure de leur paroi : les bactรฉries ร Gram positif possรจdent une membrane formรฉe de peptidoglycane qui peut fixer facilement le violet de Gentiane et prรฉsente aussi la propriรฉtรฉ dโalcool rรฉsistant ainsi ne peuvent รชtre dรฉcolorรฉ par lโalcool, contrairement au bactรฉrie ร Gram nรฉgatif qui ne peuvent dโun lieu fixer la coloration dรป ร la prรฉsence dโune membrane phospholipidique externe et dโun autre lieu cette structure est permรฉable ร lโalcool, ces bactรฉries sont recolorรฉes en rose par la fuchsine de Ziehl (VELOMALALA, 2008).
Le test dโagglutination avec de latex sensibilisรฉe (latex test)
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย Le Staphylococcus aureus prรฉsentent une forte affinitรฉ pour le fibrinogรจne par la prรฉsence des enzymes appelรฉes coagulase libre et liรฉe, le coagulase liรฉe est une rรฉcepteur de surface aux fibrinogรจnes. Le test Pastorex-Staph plus(le coffret du rรฉactif) met en รฉvidence la prรฉsence du coagulase liรฉe seulement chez cette bactรฉrie. En effet en prรฉsence du fibrinogรจne, la bactรฉrie possรฉdant de lโaffinitรฉ pour le fibrinogรจne formera des agrรฉgats visibles ร lโลil nu.
Principe : Le rรฉactif latex test contenu dans un flacon est un liquide qui est sensibilisรฉ par une solution du fibrinogรจne, anticorps IgG et quelques autres constituants ; le rรฉactif permet alors de rechercher le facteur dโaffinitรฉ pour le fibrinogรจne, ร part cela il est intรฉressant de mentionner aussi quโร part le facteur dโaffinitรฉ ci-dessous le test peut rechercher de faรงon simultanรฉe la protรฉine A dรป ร la prรฉsence des IgG dans ce latex qui vont former aussi des agrรฉgats. Notons que parmi le genre Staphylococcus, la protรฉine A nโest prรฉsente que chez les Staphylococcus aureus. Le test permet alors dโidentifiรฉ les souches Staphylococcus aureus par la formation dโagglutination avec la rรฉaction entre lโenzyme coagulase liรฉe et le fibrinogรจne puis par la rรฉaction anticorpsantigรจne de son protรฉine A avec lโIgG contenu dans le latex.
La dรฉtรฉrmination du CMI et du CMB
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย Aprรจs le test de sensibilitรฉ, il nous est maintenant utile, comme tout agent antimicrobien, de connaรฎtre les caractรฉristiques de lโactivitรฉ antibactรฉriennes de la substance vis-ร -vis des bactรฉries sensibles. Les questions alors se posent, lโinhibition des bactรฉries est-elle due ร lโinhibition des croissances tout simplement ou conduisant ร la mort des bactรฉries ? Les substances ont-elles alors des effets inhibiteurs de la croissance ou bactรฉriostatique ou bien des effets lรฉtaux aux bactรฉries ou la bactรฉricide? Outre quelle est la concentration la plus faible induisant ร ces effets ? Donc il est question de rechercher la concentration minimale inhibitrice ou CMI et la concentration minimale bactรฉricide ou CMB et รฉvaluer lโeffet antibactรฉrien selon la norme dโinterprรฉtation suivant : soit la substance antibactรฉrienne est bactรฉricide si la CMI et la CMB sont proches, et si le rapport CMB/CMI โฅ32, la substance est bactรฉriostatique (FRANรOIS-DENIS et PLOY, 2007). On effectue la recherche de CMI et de CMB seulement pour les types dโextraits ayant รฉtรฉ classรฉes trรจs sensibles soit รฉgale ou supรฉrieur ร 15mm aux germes.
Test de sensibilitรฉ par la mรฉthode de diffusion en milieu gรฉlosรฉ
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย Les extraits utilisรฉs sont prรฉalablement testรฉs au point de vue stรฉrilitรฉ, par un ensemencement sur le milieu enrichi PVX, ce test a dรฉmontrรฉ lโabsence de colonie sur les milieux ensemencรฉs aprรจs une incubation, ainsi les extraits ne contiennent aucun germe susceptible de croรฎtre sur un milieu, ils sont dรฎtes stรฉriles. Cela justifie alors lโemploi de ces extraits dans le prochain test : le test de sensibilitรฉ vis ร vis des souches. Aprรจs la prรฉparation de lโinoculum, des ensemencements sur des gรฉloses ont รฉtรฉ effectuรฉ pour servir de contrรดle de rรฉussite de lโensemencement ainsi que la mise en garde de la culture pour dโautre application en cas de culture non rรฉussie. Les boรฎtes de contrรดle effectivement ont tous montrรฉ une croissance bactรฉrienne ainsi on peut dรฉterminer que la culture a รฉtรฉ faรฎte dans les conditions adรฉquates des souches et on peut dire que ces paramรจtres ne seront pas la cause de lโinhibition de la croissance des souches vu que les boรฎtes nโy ont pas รฉtรฉ introduit de lโextrait. Le test de sensibilitรฉ de lโactivitรฉ antibactรฉrienne de lโextrait a รฉtรฉ fait ร partir de la mรฉthode de diffusion en milieu gรฉlosรฉ. Ainsi les rรฉsultats sont รฉvaluรฉs par rapport aux diamรจtres dโinhibitions de la croissance bactรฉrienne :
-le contrรดle nรฉgatif soit le disque imprรฉgnรฉ du solvant utilisรฉ, il nโy a pas dโinhibition autour du disque pour les 6 souches au niveau de chaque boรฎte, ainsi le solvant utilisรฉ pour dissoudre les extraits nโexerce pas dโinfluence au niveau de la croissance bactรฉrienne des 6 bactรฉries
-le contrรดle positif soit le disque dโantibiotique de Gentamicine. Au niveau de chaque boรฎte, on constate que les 6 souches sont tous inhibรฉes par lโantibiotique. On a relevรฉ les inhibitions au niveau de chaque boรฎte et on รฉtablit la moyenne reprรฉsentรฉ par le tableau suivant pour chaque bactรฉrie.
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Table des matiรจres
REMERCIEMENTS
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ANNEXES
LISTE DES ABREVIATIONS
GLOSSAIRE.
INTRODUCTION GENERALE
I. Synthรจse bibliographique
I.1 Concept : Gรฉnรฉralitรฉs sur les bactรฉries
I.1.1 Historique de la microbiologie
I.1.2 Classification des bactรฉries
I.1.3 Structure des bactรฉries
I.1.4 La culture in-vitro des bactรฉries
I.2 Concept : les antibiotiques
I.2.1 Dรฉfinition
I.2.2 Quelques caractรฉristiques des antibiotiques
I.3 Concept : ยซ potentiels mรฉdicaux des plantes supรฉrieures ยป
I.4 Vertus thรฉrapeutiques de la plante Morinda citrifolia
II. Matรฉriels et mรฉthodes
II.1 Matรฉriels
II.1.1 Matรฉriel vรฉgรฉtal
II.1.2 Matรฉriels et solvants dโextraction de la plante
II.1.3 Matรฉriels pour les tests biologiques
II.2 Mรฉthodes
II.2.1 Collecte et choix du matรฉriel vรฉgรฉtal
II.2.2 Extraction chimique
II.2.3 Test biologique
III. Rรฉsultats et discussions
III.1 Extraction chimique
III.1.1 Broyage
III.1.2 Macรฉration
III.1.3 Sรฉparation par polaritรฉ de lโextrait de feuille
III.1.4 Lโรฉvaporation ร sec
III.1.5 Rendement dโextraction
III.2 Identification bactรฉrienne
III.2.1 Rรฉsultat de la culture sur les milieux gรฉlosรฉs
III.2.2 Rรฉsultat de lโobservation microscopique ร lโรฉtat frais
III.2.3 Rรฉsultat de lโobservation microscopique aprรจs la coloration de Gram
III.2.4 Identification individualisรฉe
III.2.5 Test API 20E
III.2.6 Test APISTAPH
III.2.7 Test API20STREP
III.3 Mise en รฉvidence de lโactivitรฉ antibactรฉrienne de lโextrait
III.3.1 Test de sensibilitรฉ par la mรฉthode de diffusion en milieu gรฉlosรฉ
III.3.2 La dรฉtรฉrmination du CMI
III.3.3 La dรฉtรฉrmination du CMB
IV. INTERETS PEDAGOGIQUES
DISCUSSIONS
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
REFERENCES WEBOGRAPHIQUES
ANNEXES
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